4. 图像 NumPy 快速入门#

在 scikit-image 中，图像由 NumPy 的多维数组表示。因此，许多常见操作都可以使用标准的 NumPy 数组操作方法来实现。

>>> import skimage as ski
>>> camera = ski.data.camera()
>>> type(camera)
<type 'numpy.ndarray'>

注意

带标签的类似数组的数据类型，例如 pandas.DataFrame 或 xarray.DataArray，在 scikit-image 中不受原生支持。但是，存储在这些类型中的数据可以在某些假设下转换为 numpy.ndarray（参见 pandas.DataFrame.to_numpy() 和 xarray.DataArray.data）。特别地，这些转换会忽略采样坐标（DataFrame.index、DataFrame.columns 或 DataArray.coords），这可能会导致数据错误表示，例如，当原始数据点是不规则间隔时。

检索图像的几何形状和像素数量

>>> camera.shape
(512, 512)
>>> camera.size
262144

检索有关图像强度值的统计信息

>>> camera.min(), camera.max()
(0, 255)
>>> camera.mean()
118.31400299072266

表示图像的 NumPy 数组可以是不同的整数或浮点数数值类型。有关这些类型的更多信息以及 scikit-image 如何处理它们，请参见图像数据类型及其含义。

4.1. NumPy 索引#

NumPy 索引可用于查看像素值和修改像素值。

>>> # Get the value of the pixel at the 10th row and 20th column
>>> camera[10, 20]
153
>>> # Set to black the pixel at the 3rd row and 10th column
>>> camera[3, 10] = 0

小心！在 NumPy 索引中，第一维（camera.shape[0]）对应于行，而第二维（camera.shape[1]）对应于列，原点（camera[0, 0]）位于左上角。这与矩阵/线性代数表示法相匹配，但与笛卡尔 (x, y) 坐标相反。有关更多详细信息，请参见下面的坐标约定。

除了单个像素之外，还可以使用 NumPy 的不同索引功能访问/修改整个像素集的值。

切片

>>> # Set the first ten lines to "black" (0)
>>> camera[:10] = 0

掩码（使用布尔掩码进行索引）

>>> mask = camera < 87
>>> # Set to "white" (255) the pixels where mask is True
>>> camera[mask] = 255

花式索引（使用索引集进行索引）

>>> import numpy as np
>>> inds_r = np.arange(len(camera))
>>> inds_c = 4 * inds_r % len(camera)
>>> camera[inds_r, inds_c] = 0

当您需要选择一组要对其执行操作的像素时，掩码非常有用。掩码可以是与图像形状相同（或可广播到图像形状）的任何布尔数组。这可以用于定义感兴趣区域，例如圆盘。

>>> nrows, ncols = camera.shape
>>> row, col = np.ogrid[:nrows, :ncols]
>>> cnt_row, cnt_col = nrows / 2, ncols / 2
>>> outer_disk_mask = ((row - cnt_row)**2 + (col - cnt_col)**2 >
...                    (nrows / 2)**2)
>>> camera[outer_disk_mask] = 0

../_images/sphx_glr_plot_camera_numpy_001.png

NumPy 中的布尔运算可用于定义更复杂的掩码。

>>> lower_half = row > cnt_row
>>> lower_half_disk = np.logical_and(lower_half, outer_disk_mask)
>>> camera = data.camera()
>>> camera[lower_half_disk] = 0

4.2. 彩色图像#

以上所有内容对于彩色图像仍然适用。彩色图像是一个 NumPy 数组，它还有一个用于通道的附加尾随维度。

>>> cat = ski.data.chelsea()
>>> type(cat)
<type 'numpy.ndarray'>
>>> cat.shape
(300, 451, 3)

这表明 cat 是一张 300x451 像素的图像，具有三个通道（红色、绿色和蓝色）。和以前一样，我们可以获取和设置像素值。

>>> cat[10, 20]
array([151, 129, 115], dtype=uint8)
>>> # Set the pixel at (50th row, 60th column) to "black"
>>> cat[50, 60] = 0
>>> # set the pixel at (50th row, 61st column) to "green"
>>> cat[50, 61] = [0, 255, 0]  # [red, green, blue]

我们还可以像上面对灰度图像所做的那样，对二维多通道图像使用二维布尔掩码。

（源代码，png，hires.png，pdf）

../_images/numpy_images-1.png — 在二维彩色图像上使用二维掩码#

包含在 skimage.data 中的示例彩色图像的通道存储在最后一个轴上，尽管其他软件可能遵循不同的约定。支持彩色图像的 scikit-image 库函数具有 channel_axis 参数，可用于指定数组的哪个轴对应于通道。

4.3. 坐标约定#

因为 scikit-image 使用 NumPy 数组表示图像，所以坐标约定必须匹配。二维 (2D) 灰度图像（例如上面的 camera）由行和列索引（缩写为 (row, col) 或 (r, c)），其中最小的元素 (0, 0) 位于左上角。在库的各个部分，您还会看到 rr 和 cc 指行和列坐标列表。我们将此约定与 (x, y) 区分开来，后者通常表示标准笛卡尔坐标，其中 x 是水平坐标，y 是垂直坐标，原点位于左下角（例如，Matplotlib 轴使用此约定）。

对于多通道图像，任何维度（数组轴）都可以用于颜色通道，并用 channel 或 ch 表示。在 scikit-image 0.19 之前，此通道维度始终是最后一个，但在当前版本中，通道维度可以通过 channel_axis 参数指定。需要多通道数据的函数默认为 channel_axis=-1。否则，函数默认为 channel_axis=None，表示没有轴被假定为对应于通道。

最后，对于体积（3D）图像，例如视频、磁共振成像 (MRI) 扫描、共聚焦显微镜等，我们将前导维度称为 plane，缩写为 pln 或 p。

这些约定总结如下

*scikit-image 中的维度名称和顺序约定*#
图像类型	坐标
二维灰度	(行，列)
二维多通道（例如 RGB）	(行，列，通道)
三维灰度	(平面，行，列)
三维多通道	(平面，行，列，通道)

请注意，ch 的位置由 channel_axis 参数控制。

许多 scikit-image 中的函数可以直接对 3D 图像进行操作。

>>> import numpy as np
>>> import scipy as sp
>>> import skimage as ski
>>> rng = np.random.default_rng()
>>> im3d = rng.random((100, 1000, 1000))
>>> seeds = sp.ndimage.label(im3d < 0.1)[0]
>>> ws = ski.segmentation.watershed(im3d, seeds)

但是，在许多情况下，第三个空间维度的分辨率低于其他两个维度。一些 scikit-image 函数提供了一个 spacing 关键字参数来帮助处理此类数据。

>>> slics = ski.segmentation.slic(im3d, spacing=[5, 1, 1], channel_axis=None)

其他时候，必须逐平面进行处理。当平面沿着前导维度堆叠（与我们的约定一致）时，可以使用以下语法。

>>> edges = np.empty_like(im3d)
>>> for pln, image in enumerate(im3d):
...     # Iterate over the leading dimension
...     edges[pln] = ski.filters.sobel(image)

4.4. 关于数组维度顺序的说明#

虽然轴的标签可能看起来是任意的，但它会对操作速度产生重大影响。这是因为现代处理器永远不会只从内存中检索一个项目，而是检索整个相邻项目的块（称为预取的操作）。因此，处理内存中彼此相邻的元素的速度比处理分散的元素的速度快，即使操作次数相同。

>>> def in_order_multiply(arr, scalar):
...     for plane in list(range(arr.shape[0])):
...         arr[plane, :, :] *= scalar
...
>>> def out_of_order_multiply(arr, scalar):
...     for plane in list(range(arr.shape[2])):
...         arr[:, :, plane] *= scalar
...
>>> import time
>>> rng = np.random.default_rng()
>>> im3d = rng.random((100, 1024, 1024))
>>> t0 = time.time(); x = in_order_multiply(im3d, 5); t1 = time.time()
>>> print("%.2f seconds" % (t1 - t0))  
0.14 seconds
>>> s0 = time.time(); x = out_of_order_multiply(im3d, 5); s1 = time.time()
>>> print("%.2f seconds" % (s1 - s0))  
1.18 seconds
>>> print("Speedup: %.1fx" % ((s1 - s0) / (t1 - t0)))  
Speedup: 8.6x

当最后一个/最右边的维度变得更大时，加速效果会更加明显。在开发算法时，值得考虑一下“数据局部性”。特别是，scikit-image 默认使用 C 连续数组。在使用嵌套循环时，数组的最后一个/最右边的维度应位于计算的最内层循环中。在上面的示例中，*= numpy 运算符迭代所有剩余维度。

4.5. 关于时间维度的说明#

虽然 scikit-image 目前没有提供专门用于处理随时间变化的 3D 数据的函数，但它与 NumPy 数组的兼容性使我们可以非常自然地处理形状为 (t, pln, row, col, ch) 的 5D 数组。

>>> for timepoint in image5d:  
...     # Each timepoint is a 3D multichannel image
...     do_something_with(timepoint)

然后我们可以对上表进行如下补充

*scikit-image 中维度名称和顺序的补充说明*#
图像类型	坐标
二维彩色视频	(t，行，列，通道)
三维彩色视频	(t，平面，行，列，通道)