scikit-image 0.13.1 (2017-09-27)#

scikit-image 0.13.1 是一个错误修复和兼容性更新。有关 0.13.0 中许多新功能，请参见下文。

0.13.1 的主要贡献是 Jarrod Millman 为确保 scikit-image 可以与 NetworkX 1.11 和 2.0 一起工作所做的英勇工作 (#2766)。其他更新包括

  • GitHub 用户 @zhongzyd 修复了相似变换估计中的错误 (#2690)

  • Gregory Lee 修复了 skimage.util.plot_matches 和 denoise_wavelet 中的错误 (#2650, #2640)

  • Egor Panfilov (#2716) 和 Jirka Borovec (#2524) 更新了文档

  • Gregory Lee (#2666, #2731)、Nelle Varoquaux (#2722) 和 Stéfan van der Walt (#2723, #2810) 修复了文档构建

scikit-image 0.13.0 (2017-03-29)#

我们很高兴（终于）宣布发布 scikit-image v0.13.0！

scikit-image 是一个用于 SciPy 的图像处理工具箱，包括用于分割、几何变换、色彩空间操作、分析、滤波、形态学、特征检测等的算法。

有关更多信息、示例和文档，请访问我们的网站

https://scikit-image.cn

以及我们的示例库

https://scikit-image.cn/docs/dev/auto_examples/

亮点#

此版本是一年工作的结果，由 82 位贡献者提交了 200 多个拉取请求。亮点包括

  • 改进的 n 维图像支持。此版本为以下内容添加了 nD 支持

    • 用于质心的 regionprops 计算 (#2083)

    • segmentation.clear_border (#2087)

    • Hessian 矩阵 (#2194)

  • 此外，以下新函数支持 nD 图像

    • 新的小波去噪函数，restoration.denoise_wavelet (#1833, #2190, #2238, #2240, #2241, #2242, #2462)

    • 新的阈值函数，filters.threshold_sauvola 和 filters.threshold_niblack (#2266, #2441)

    • 新的局部最大值、局部最小值、hmaxima、hminima 函数 (#2449)

  • 灰度共生矩阵 (GLCM) 现在可以处理 uint16 图像

  • filters.try_all_threshold 可快速查看各种阈值方法的输出

  • Frangi 和 Hessian 滤波器（仅限 2D）(#2153)

  • segmentation.watershed 中的新紧凑分水岭算法 (#2211)

  • feature.shape_index 中的新形状索引算法 (#2312)

新函数和新特性#

  • 添加阈值最小值算法 (#2104)

  • 实现均值和三角形阈值 (#2126)

  • 添加 Frangi 和 Hessian 滤波器 (#2153)

  • 将 bbox_area 添加到区域属性 (#2187)

  • colorconv: 添加 rgba2rgb() (#2181)

  • Lewiner 行进立方体算法 (#2052)

  • 图像反转 (#2199)

  • 小波去噪 (来自 #1833) (#2190)

  • 从图像估计噪声标准差的例程 (#1837)

  • 添加紧凑分水岭并清理现有分水岭 (#2211)

  • 添加了缺少的 ‘grey2rgb’ 函数。(#2316)

  • 形状索引 (#2312)

  • 基本矩阵和本质矩阵 8 点算法 (#1357)

  • 添加 YUV、YIQ、YPbPr、YCbCr 色彩空间

  • 从形态学检测局部极值 (#2449)

  • 香农熵 (#2416)

文档改进#

  • 在贡献页面中添加有关 github SSH 密钥的详细信息 (#2073)

  • 添加 felzenszwalb 图像分割的示例 (#2096)

  • 示例库的 Sphinx 画廊 (#2078)

  • 改进的区域边界 RAG 文档 (#2106)

  • 添加画廊 Lucy-Richardson 反卷积算法 (#2376)

  • 画廊：使用马来说明凸包 (#2431)

  • 在用户指南中添加 OpenCV 的使用 (#2519)

代码改进#

  • 从测试套件中删除 lena 图像 (#1985)

  • 删除 skimage.feature.match_template 中的重复均值计算 (#1980)

  • 向 clear_border 添加 nD 支持 (#2087)

  • 为共生矩阵添加 uint16 图像支持 (#2095)

  • 为高斯和中值滤波器添加默认参数 (#2151)

  • 尝试所有方法来选择最佳阈值算法 (#2110)

  • 在 Felzenszwalb 分割中添加对多通道的支持 (#2134)

  • 改进的 SimilarityTransform，新的 EuclideanTransform 类 (#2044)

  • 增强：加快 Hessian 矩阵计算 (#2194)

  • 为 denoise_wavelet 添加 n 维支持 (#2242)

  • 加快 inpaint_biharmonic (#2234)

  • 更新 Hessian 矩阵代码以包含 order kwarg (#2327)

  • 处理 label2rgb 输入标签为负数和/或不连续的情况 (#2370)

  • 添加 watershed_line 参数 (#2393)

API 更改#

  • 删除已弃用的 filter 模块。请改用 filters (#2023)

  • 删除 skimage.filters.canny 链接。请改用 feature.canny (#2024)

  • 删除 Python 2.6 支持和相关检查 (#2033)

  • 删除已弃用的 {h/v}sobel、{h/v}prewitt、{h/v}scharr、roberts_{positive/negative} 滤波器 (#2159)

  • 删除已弃用的 _mode_deprecations (#2156)

  • 删除 rescale_intensity 中已弃用的 None 默认值 (#2161)

  • 参数 ntiles_x 和 ntiles_y 已从 exposure.equalize_adapthist 中删除

  • 最低 NumPy 版本现在为 1.11，最低 SciPy 版本现在为 0.17

弃用#

  • 在版本 0.15 中，clip_negative 将默认设置为 false (func: dtype_limits) (#2228)

  • 弃用 “dynamic_range”，改为 “data_range” (#2384)

  • 在 0.15 中，radon 和 iradon 变换的 circle 参数的默认值将为 True (#2235)

  • 在 0.15 中，denoise_bilateral 和 denoise_nl_means 的 multichannel 的默认值将为 False

  • 在 0.15 中，feature.hog 中的 block_norm 的默认值将为 L2-Hysteresis。

  • threshold_adaptive 函数已弃用。请改用 threshold_local。

  • 在 0.15 中，transform.swirl、resize 和 rescale 中的 mode 的默认值将为“reflect”。

此版本的贡献者#

  • AbdealiJK

  • Rodrigo Benenson

  • Vighnesh Birodkar

  • Jirka Borovec

  • François Boulogne

  • Matthew Brett

  • Sarwat Fatima

  • Rachel Finck

  • Joe Futrelle

  • Jeroen Van Goey

  • Christoph Gohlke

  • Roman Golovanov

  • Emmanuelle Gouillart

  • Anshita Gupta

  • David Haberthür

  • Jeff Hemmelgarn

  • Hiyorimi

  • Daniel Hyams

  • Alex Izvorski

  • Kyle Jackson

  • Jirka

  • JohnnyTeutonic

  • Kevin Keraudren

  • Almar Klein

  • Yu Kobayashi

  • Moriyoshi Koizumi

  • Lachlan

  • LachlanD

  • George Laurent

  • Gregory R. Lee

  • Evan Limanto

  • Ben Longo

  • Victor MARTIN

  • Oliver Mader

  • Ken’ichi Matsui

  • Jeremy Metz

  • Jeyson Molina

  • Michael Mueller

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Egor Panfilov

  • Paul

  • PengchengAi

  • Francisco de la Peña

  • Pavlin Poličar

  • Orion Poplawski

  • Zoe Richards

  • Todd V. Rovito

  • Christian Sachs

  • Sanya

  • Johannes Schönberger

  • Pavel Shevchuk

  • Scott Sievert

  • Steven Silvester

  • Shaun Singh

  • Sourav Singh

  • Alexandre Fioravante de Siqueira

  • Samuel St-Jean

  • Noah Stier

  • Ole Streicher

  • Martin Thoma

  • Matěj Týč

  • Viraj

  • Stefan van der Walt

  • Josh Warner

  • Olivia Wilson

  • Robin Wilson

  • Martin Zackrisson

  • Yue Zheng

  • Nick Zoghb

  • alexandrejaguar

  • almar

  • cespenel

  • danielballan

  • dmesejo

  • eli

  • jwittenbach

  • lgeorge

  • mljli

  • rjeli

  • skrish13

  • tseclaudia

  • walter

此版本中合并的拉取请求#

  • 如果用户尝试使用较旧的 Cython 版本进行构建，则发出警告 (#1986)

  • 从测试套件中删除 lena 图像 (#1985)

  • 将 inpaint 添加到模块 init (#1987)

  • 预先计算模板均值 (#1980)

  • rgb2grey -> grey2rgb (#1989)

  • 也将 rgb2gray 公开为 rgb2grey (#1990)

  • 清除时删除所有 .md5 文件 (#1992)

  • 避免在调用 compute_ssim 且 multichannel=True 时出现弃用警告 (#1994)

  • DOC: 在 compute_ssim 错误中建议使用 multichannel=True (#1999)

  • [DOC] 添加到指南的链接 (#2001)

  • 修复 CONTRIBUTING 中的 docs–>doc (#2009)

  • 将 dask 转换为可选依赖项 (#2013)

  • 更正用于捕获 mpl 警告的正则表达式 (#2014)

  • BUILD: 将 –pre 标志用于 Travis pip 安装。(#1938)

  • Github 模板 (#1954)

  • 为 PaintTool 添加了文档 (#1934)

  • API 文档中缺少 skimage.segmentation.quickshift 签名 (#2017)

  • MAINT: 升级 tifffile (#2016)

  • 修改了 .gitignore 以正确忽略 auto_example 文件 (#1966)

  • MAINT: 在 CI 构建中从 coveralls 切换到 codecov (#2015)

  • API 文档中缺少 skimage.segmentation.quickshift 签名，第三次尝试 (#2021)

  • 维护：移除已弃用的 filter 模块 (#2023)

  • 移除 skimage.filters.canny 的链接 (#2024)

  • 记录 regionprops 的 bbox 属性。 (#2030)

  • 修复 texturematch 论文的 URL (#2031)

  • 改进 skimage.segmentation.active_contour 输入参数的 dtype 支持 (#2032)

  • 修复本地测试函数 (#2034)

  • 删除 Python 2.6 支持和相关检查 (#2033)

  • 在 OSX 上进行测试 (#2038)

  • 将 coverage badge 更改为 codecov (#2055)

  • 测试：加快双边滤波器的测试速度 (#2061)

  • 加快 colorconv._convert 的速度 (#2064)

  • 修复：修复 qt_plugin 中 'warn' 的导入 (#2070)

  • 添加 YUV、YIQ、YPbPr、YCbCr 色彩空间

  • 在贡献页面添加关于 github SSH 密钥的详细信息 (#2073)

  • 增强：将 np.random.RandomState 传递给 RANSAC (#2072)

  • 使用 tifffile 处理 IO 对象 (#2046)

  • 更新质心以使用坐标 - 适用于 3D (#2083)

  • [WIP] 区域边界 RAG 的分层合并 (#2058)

  • 向 clear_border 添加 nD 支持 (#2087)

  • 文档：更新为新的 API（次要） (#2090)

  • 添加 felzenszwalb 图像分割的示例 (#2096)

  • 文档：在变量定义中的列前添加空格（次要...） (#2102)

  • 文档：引导新贡献者使用 HTTPS，而不是 SSH (#2082)

  • 将 François Boulogne 添加到 mailmap 中 (#2117)

  • 将 skimage.filters.rank 的描述和 todos 从 README 移动到文档字符串中。 (#2115)

  • 修复 Otsu 阈值的错误和文档 (#2118)

  • 将 scuinto 的第二个电子邮件地址添加到 mailmap 中 (#2122)

  • 维护：围绕 label 和 regionprops 函数。 (#2100)

  • 添加阈值最小值算法 (#2104)

  • 示例库的 Sphinx 画廊 (#2078)

  • 文档：在图库中缩短标题 (#2128)

  • 文档：使用列表重构轴 (#2129)

  • 文档增强 + houghline 变换的 API 修复 (#2089)

  • 修复示例脚本的缩进 (#2136)

  • 实现均值和三角形阈值 (#2126)

  • 将 skimage.measure.label 的引用移动到文档字符串中 (#2143)

  • 修复过时的 GraphicsGems 链接 (#2149)

  • 文档字符串 (#2145)

  • 为共生矩阵添加 uint16 图像支持 (#2095)

  • 移除已弃用的 {h/v}sobel, {h/v}prewitt, {h/v}scharr, roberts_{positive/negative} 滤波器 (#2159)

  • 删除已弃用的 _mode_deprecations (#2156)

  • 默认参数 (#2151)

  • 增强：try_all 选择最佳阈值算法并进行文档重构 (#2110)

  • 错误修复：inverse_map 不应为 None (#2160)

  • 将 felzenszwalb 灰度转换为多通道版本 (#2134)

  • greycomatrix 的编写、样式和 PEP8 修复 (#2157)

  • 添加 Frangi 和 Hessian 滤波器 (#2153)

  • 改进的 SimilarityTransform，新的 EuclideanTransform 类 (#2044)

  • color.colorconv：修复 rgb2gray() 的文档 (#2169)

  • 修复 segmentation.felzenszwalb 中的区域合并 (#2164)

  • 删除 rescale_intensity 中已弃用的 None 默认值 (#2161)

  • 文档：在 template_match 中添加注释 (#2176)

  • 为 numpy_images.rst 添加章节标题格式 (#2177)

  • 修复 threshold_triangle 以处理非整数图像。 (#2171)

  • 改进的区域边界 RAG 文档 (#2106)

  • 增强：将 bbox_area 添加到区域属性 (#2187)

  • colorconv: 添加 rgba2rgb() (#2181)

  • 文档：将 DOI 添加到参考文献 (#2188)

  • 在 try_all_threshold 中移除局部阈值 (#2180)

  • 文档：添加关于警告处理的注释 (#2198)

  • 增强：加快 Hessian 矩阵计算 (#2194)

  • 为数据添加缺失的单元测试，并将马转换为二进制 (#2196)

  • 修复 ssim 示例 (#2208)

  • [MRG] 维护：将 gaussian_filter 替换为 filters.gaussian (#2210)

  • [MRG] 文档：更正 mssim 文档字符串以返回 float (#2218)

  • 特性：Lewiner 行进立方体算法 (#2052)

  • 修复盐和胡椒噪声中的错误 (#2223)

  • 测试：更新 AppVeyor 以使用 Conda，添加 msvc_runtime (#2217)

  • 改进标题的文档字符串 (#2185)

  • 添加维基百科上的任务更新版本 (#2230)

  • 新功能 + 文档：图像反转 (#2199)

  • 增强：实现小波去噪（来自 #1833）(#2190)

  • 测试：在 setup() 中定义种子 / 修复随机测试失败 (#2227)

  • 为 denoise_wavelet 添加 n 维支持 (#2242)

  • API：clip_negative 在 0.15 版本中将默认设置为 false（函数：dtype_limits）(#2228)

  • 加快 inpaint_biharmonic (#2234)

  • 维护 dtype.py (PEP8) (#2231)

  • 移除未使用的 extend_image (#2251)

  • 增强：从图像估计噪声标准偏差的例程 (#1837)

  • 将 sphinx 构建限制为单个进程。移除供应商提供的 numpydoc。 (#2257)

  • 在 threshold_otsu 警告中添加更具体的图像形状检查 (#2259)

  • 允许在未安装 numpy 的情况下运行 setup.py egg_info。 (#2260)

  • 添加紧凑分水岭并清理现有分水岭 (#2211)

  • 直接使用 numpy.pad，移除 util.pad 中大部分已发布的代码 (#2265)

  • 文档：修复参考文献 (#2262)

  • 文档：图库中的微小修复 (#2226)

  • 文档：修复拼写错误 (#2274)

  • 更新 Manifest.in (#2255)

  • 错误修复：无界相关性 – Dhyams 修复模板匹配 (#2263)

  • 文档：重构图库中的示例骨架化 (#2141)

  • [MRG+1] 在 skimage.data.* 中的图像的文档字符串中插入元数据 (#2236)

  • 维护：Radon（文档字符串、API、PEP8）(#2235)

  • [MRG+2] 维护：修复 numpy 弃用 (#2283)

  • 减少绘图周围的空白 (#2144)

  • [MRG+1] 默认情况下，clear_border 不是就地操作 (#2285)

  • 移除 transform.{pyx/pxd} 中未使用的导入 (#2288)

  • [MRG+1] 将社区指南添加到文档导航 (#2287)

  • 将颜色添加到 IHC (#2279)

  • 修复：如果指定了标签，则选择 num_peaks (#2098)

  • [MRG+1] 添加 felzenszwalb 形状验证 (#2286)

  • [MRG+1] 在 _wavelet_threshold 中更紧密地匹配 BayesShrink 论文 (#2241)

  • 移除 subplots_adjust 的使用 (#2289)

  • [MRG+1] 更改文档页面的网站图标 (#2291)

  • [MRG+1] 测试：优先使用 numpy.testing 中的 assert_ 而不是 assert (#2298)

  • 测试修复：修复 scipy 开发版本的错误 (#2302)

  • 增强 compare_ssim 文档字符串 (#2314)

  • 添加了缺少的 ‘grey2rgb’ 函数。(#2316)

  • PEP8 (#2304)

  • 为公共 Cython 函数制作 Python 包装器 (#2303)

  • 更新邮件列表位置 (#2328)

  • 形状索引 (#2312)

  • 将 pywavelets 添加到 DEPENDS.txt 中的运行时要求 (#2238)

  • 重构 skimage.draw 中的变量名称 (#2321)

  • 修复打印错误消息时的显示问题 (#2326)

  • 在 threshold_li 中添加对零图像的捕获 (#2338)

  • 修复：修改 peak_local_max 以使用 relabel_sequential (#2341)

  • 更新 _static 中的网站图标 (#2355)

  • 移除 rgb2hsv 和 h... 的文档字符串中不正确的输入类型假设 (#2354)

  • 更新 transform.swirl 中的默认边界模式 (#2331)

  • 更新 imread() 文档 (#2358)

  • 检查 random_walker() 中的有效模式。 (#2362)

  • 修复 _shared 中未被 nose/travis 执行的 1 个损坏的测试 (#2229)

  • 更新 Hessian 矩阵代码以包含 order kwarg (#2327)

  • 在 sk... 的文档中阐明 beta1 和 beta2 参数的用途 (#2382)

  • 处理 label2rgb 输入标签为负数和/或不连续的情况 (#2370)

  • 更新 exposure.equalize_adapthist 参数和文档字符串 (#2220)

  • 修复用户指南中 (x, y) 原点的描述 (#2385)

  • 更新 show_rag 方法的文档字符串 (#2375)

  • 修复打印错误消息时的显示问题 (#2372)

  • 在 _shared.utils.py 中添加对空数组的检查 (#2364)

  • 修复没有峰值 blob 日志的问题 (#2349)

  • 增强：使用 orientation kwarg 扩展 draw.ellipse (#2366)

  • 基本矩阵和本质矩阵 8 点算法 (#1357)

  • 修复对 travis 注释的引用 (#2403)

  • 修复 sphinx 中导致 travis 中将警告视为错误的已弃用选项 (#2395)

  • 更新 Travis 脚本 (#2374)

  • 移除 freeimage 插件 (#1933)

  • 修复直方图的形状类型 (#2417)

  • 将照明和观察者参数添加到 rgb2lab 和 lab2rgb 函数。 (#2306)

  • PEP8 (#2413)

  • 维护：合并 dtype 列表 (#2420)

  • 使（部分）pep8 合规 (#2392)

  • 添加标题和文本，使 plot_brief.py 示例更清晰 (#2193)

  • 文档：添加对标准照明的引用 (#2418)

  • 为子图添加标题和文本，使 plot_censure.py 示例更容易让新手理解 (#2191)

  • 弃用 “dynamic_range”，改为 “data_range” (#2384)

  • 使 PR 2266 与 n-D 兼容 (#4)

  • 添加基于 Guo 和 Hall 1989 的新“细化”方法 (#2294)

  • 局部阈值 niblack sauvola（来自 Jeysonmc PR）(#2266)

  • 稳定的椭圆拟合 (#2394)

  • 添加画廊 Lucy-Richardson 反卷积算法 (#2376)

  • 根据评论和 StackOverflow 改进 SIFT 加载器文档字符串 (#2404)

  • 更改为 Javascript 加载搜索索引（Julian Taylor 的补丁）(#2438)

  • 修复连接组件中的段错误（Yaroslav Halchenko 的补丁）(#2437)

  • 重构 util/dtype.py (#2425)

  • 增强：图库，各种小的样式更正（DFT 示例）。 (#2430)

  • 使 peak_local_max 返回始终排序的索引 (#2435)

  • 更正 probabilistic_hough_line() 的注释。 (#2448)

  • 添加 watershed_line 参数 (#2393)

  • 解决高斯值范围 #2383 (#2388)

  • 画廊：使用马来说明凸包 (#2431)

  • MRG：更新 Python 3.6 的构建矩阵 (#2451)

  • YCbCr 色彩空间中的小波去噪 (#2240)

  • 图库：为硬币使用灰色 cmap (#2459)

  • Sauvola 和 Niblack 阈值的错误修复 (#2441)

  • 维护：移除 _wavelet_threshold 文档字符串 (#2460)

  • 错误：修复奇数长度输入的 denoise_wavelet (#2462)

  • 维护：警告 denoise_{bilateral, nl_means} 中的新多通道默认值 (#2467)

  • 图库中用于去噪的各种增强功能 (#2461)

  • 用于检查 sdist 完整性的工具 (#2085)

  • 添加不同的 skimage.hog 块归一化方法 (#2040)

  • 文档：修复拼写错误并添加参考文献 (#2478)

  • 将 sphinx 图库更新至 0.1.8 (#2474)

  • 文档：修复高斯滤波器文档字符串中的拼写错误 (#2487)

  • 添加 threshold_local，弃用旧的 threshold_adaptive API (#2490)

  • 调整大小和重新缩放的默认边缘模式更改 (#2484)

  • 将 dask[array] 添加到可选要求 (#2494)

  • 文档：在 CONTRIBUTING.txt 中添加说明 & 更新 Windows 的 git 安装链接 (#2495)

  • 增强：泛化 hough_peak 函数 (#2109)

  • 修复图库示例 (#2504)

  • 提升最低 scipy 版本 (#2254)

  • 文档：img_as_float 如果输入 dtype 是 float，则添加关于范围的注释 (#2499)

  • 更新 tifffile 以进行 2017.01.12 的更改 (#2497)

  • 在文档字符串中用 block_reduce 替换 local_sum。 (#2498)

  • 维护：将 scipys truncate 参数传递给高斯滤波器 API (#2508)

  • 文档：图库：连接分割：增强 (#2507)

  • 整理 dev 文档的部署 (#2516)

  • 对于正常构建，不需要 cython (#2509)

  • 修复 Python 3.6 中损坏的 test_ncut_stable_subgraph，在 Travis 中启用 Python 3.6 (#2511)

  • 改进背景标记 (#2381)

  • 对于 imread 的 load_func，使 img_num 参数可选 (#2054)

  • 使其与当前 networkx 主版本兼容 (#2455)

  • HOG 代码中的杂项整理 (#2526)

  • BUG：修复 ORB 未返回描述符时的 NumPy 错误 (#2537)

  • BUG：零值图像在 restoration.denoise_bilateral 中出现 ValueError (#2533)

  • 修复指向 Python XY 的链接 (#2542)

  • TST：修复 scipy-0.19.0rc2 导致的 ValueError (#2544)

  • DOC：更新 data.coins() 的 URL (#2548)

  • 将 GRIN URL 替换为 Flickr URL (#2547)

  • 使 threshold_minimum 在 i686 和 x86_64 上返回相同的结果 (#2549)

  • 小修复 (Issue #2554) (#2556)

  • 从 filters.threshold_sauvola 文档字符串中删除 offset 参数 (#2566)

  • 读取视频文件的实用指南 (#1012)

  • 从 requirements.txt 中移除 dask (#2572)

  • 修复 morphology.watershed 错误消息 (#2570)

  • DOC：在用户指南中添加了使用 OpenCV 的说明 (#2519)

  • NEW：添加香农熵 (#2416)

  • 修复 GLCM 演示中 ylabel 的拼写错误 (#2576)

  • 从形态学检测局部极值 (#2449)

  • 将极值函数添加到 __init__ (#2588)