scikit-image 0.18.3 (2021-08-24)#

我们很高兴地宣布 scikit-image v0.18.3 的发布!

scikit-image 是 SciPy 的图像处理工具箱,包括用于分割、几何变换、颜色空间操作、分析、滤波、形态学、特征检测等的算法。

这是一个小型的错误修复版本,用于兼容 Pooch 1.5 和 SciPy 1.7。

错误修复#

  • 仅从 Pooch 的公共 API 导入。这解决了 Pooch 1.5.0 的导入失败问题。(#5531,#5529 的反向移植)

  • 当使用多重网格求解器时,请勿在 random_walker 中使用已弃用的 scipy.linalg.pinv2。(#5531,#5437 的反向移植)

此版本新增了 3 位作者 [按名字或登录名首字母排序]#

David Manthey Gregory Lee Mark Harfouche

此版本新增了 3 位审阅者 [按名字或登录名首字母排序]#

Gregory Lee Juan Nunez-Iglesias Mark Harfouche

scikit-image 0.18.2 (2021-06-10)#

我们很高兴地宣布 scikit-image v0.18.2 的发布!

scikit-image 是 SciPy 的图像处理工具箱,包括用于分割、几何变换、颜色空间操作、分析、滤波、形态学、特征检测等的算法。

此版本主要用于为 aarch64 架构添加 wheel;它还修复了一些小错误。

有关更多信息、示例和文档,请访问我们的网站

https://scikit-image.cn

错误修复#

  • 允许使用 SyntaxError 或 OSError 处理截断的 JPG (#5315, #5334)

  • 修复 sphinx:角色已被注册的问题 (#5319, #5335)

开发过程#

  • 更新 pyproject.toml 以确保 pypy 兼容性和 aarch 兼容性 (#5326, #5328)

  • 构建 aarch64 wheel (#5197, #5210)

  • 查看最新的 Ubuntu 镜像是否修复了 QEMU CPU 检测问题 (#5227, #5233)

  • master 重命名为 main (#5243, #5295)

  • 修复 INSTALL_FROM_SDIST 的测试 (#5283, #5296)

  • 删除 before_install 中不必要的软件包手动安装 (#5298)

  • 对 python 3.9+ 使用 manylinux2010 (#5303, #5310)

  • 为 cpython 3.8 的 aarch 添加 numpy 版本规范 (#5374, #5375)

此版本新增了 7 位作者 [按名字或登录名首字母排序]#

  • François Boulogne

  • Janakarajan Natarajan

  • Juan Nunez-Iglesias

  • John Lee

  • Mark Harfouche

  • MeeseeksMachine

  • Stéfan van der Walt

此版本新增了 9 位审阅者 [按名字或登录名首字母排序]#

  • Alexandre de Siqueira

  • Gregory R. Lee

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Marianne Corvellec

  • Mark Harfouche

  • Matti Picus

  • Matthias Bussonnier

  • Riadh Fezzani

  • Stéfan van der Walt

scikit-image 0.18.1 (2020-12-23)#

这是一个错误修复版本,包含以下两个错误修复

  • 修复大型(>2GB)数组中标记的索引错误 (#5143, #5151)

  • 仅将 retry_if_failed 与最新的 pooch 一起使用 (#5148)

请参阅下文了解 0.18.0 中的新功能和 API 更改。

scikit-image 0.18.0 (2020-12-15)#

我们很高兴地宣布 scikit-image v0.18.0 的发布!

scikit-image 是 SciPy 的图像处理工具箱,包括用于分割、几何变换、颜色空间操作、分析、滤波、形态学、特征检测等的算法。

此版本的 scikit-image 根据 NEP-29 Python 和 Numpy 版本支持社区标准 放弃了对 Python 3.6 的支持:运行此版本需要 Python 3.7 或更高版本。

有关更多信息、示例和文档,请访问我们的网站

https://scikit-image.cn

新功能#

  • 添加迭代 Lucas-Kanade (iLK) 光流方法 (#4161)

  • 在区域属性中添加 Feret 直径 (#4379, #4820)

  • 添加计算欧拉数和 Crofton 周长估计的函数 (#4380)

  • 添加计算 Hausdorff 距离的函数 (#4382)

  • skimage.filters.rank 中的许多过滤器添加了 3D 支持。

  • 为了与 scikit-learn API 兼容,可训练像素分割的实验性实现已添加到 skimage.future。试试看!(#4739)

  • 添加新函数 segmentation.expand_labels 以在防止重叠的同时膨胀标签 (#4795)

  • 现在可以将额外的度量函数传递给 measure.regionpropsregionprops_table (#4810)

  • 添加滚动球算法进行背景减法 (#4851)

  • data 子包中添加了新的示例图像:data.eagle (#4922)、data.human_mitosis (#4939)、data.cells3d (#4951) 和 data.vortex (#5041)。另请注意,由于版权问题,data.camera 的图像已更改 (#4913)。

  • skimage.feature.structure_tensor 现在支持将 3D(和 nD)图像作为输入 (#5002)

  • 许多阈值方法现在可以接收预先计算的直方图作为输入,如果在同一图像上尝试多种方法,或者如果使用快速直方图方法,则可以显着加快速度。 (#5006)

  • measure.regionprops 现在支持多通道强度图像 (#5037)

文档#

  • 向填充教程添加示例 (#4619)

  • 行进立方体和 find_contours 的文档字符串增强 (#4641)

  • 一个介绍细胞生物学示例的新教程已添加到图库中 (#4648)。特别感谢 Pierre Poulain 和 Fred Bernard(巴黎大学和雅克·莫诺研究所)对该示例的科学审查!

  • 改进带有注释和参考的旋转注册示例 (#4723)

  • transform.AffineTransform 中“scale”参数的新标量类型支持添加版本号 (#4733)

  • 关于可视化 3D 数据的新教程 (#4850)

  • 添加 3D 自适应直方图均衡化 (AHE) 的示例 (#4658)

  • 自动格式化文档字符串以提高一致性 (#4849)

  • 改进了 rgb2lab (#4839) 和 marching_cubes (#4846) 的文档字符串

  • 改进了 measure.marching_cubes 的文档字符串,其中提到了如何使用 mayavi 对网格进行抽减 (#4846)

  • 记录如何贡献图库示例。 (#4857)

  • 修复并改进熵示例 (#4904)

  • 扩展开发人员文档的基准测试部分 (#4905)

  • 改进了 util.random_noise 的文档字符串 (#5001)

  • 改进了 morphology.h_maximamorphology.h_minima 的文档字符串 (#4929)。

  • 改进了 util.img_as_int 的文档字符串 (#4888)。

  • 一个新示例演示了使用 PyData 堆栈(pandas、seaborn)交互式探索 regionprops 结果,网址为 <https://scikit-image.cn/docs/dev/auto_examples/segmentation/plot_regionprops.html>`_ (#5010)。

  • 添加了文档以说明如何下载 scikit-image 未安装的示例数据集 (#4984)。同样,贡献者指南已更新,以提及如何在 gitlab 存储库中托管新数据集 (#4892)。

  • 开发人员文档的基准测试部分已扩展 (#4905)。

  • 在示例页面中添加了指向 image.sc 论坛的链接 (#5094, #5096)

  • 在图库示例中添加了丢失的数据集 (#5116, #5118)

  • 在 __all__ 中添加了 farid 过滤器,以填充文档 (#5128, #5129)

  • 校对 rank 过滤器的图库示例。 (#5126, #5136)

改进#

  • float32 支持 SLIC (#4683)、ORB (#4684, #4697)、BRIEF (#4685)、pyramid_gaussian (#4696)、Richardson-Lucy 反卷积 (#4880)

  • skimage.restoration.richardson_lucy 中,当输入图像为单精度时,计算现在以单精度进行。这在使用单精度数据时可以显著提高性能。

  • Richardson-Lucy 反卷积现在有一个 filter_epsilon 关键字参数,以避免除以非常小的数字 (#4823)

  • measure.find_contours 中添加默认级别参数 (max-min) / 2 (#4862)

  • 当用户提供掩码时,改进了 SLIC 超像素算法 (skimage.segmentation.slice) 的性能 (#4903)。掩码 SLIC 生成的具体超像素将与之前版本产生的超像素不完全相同。

  • 通过使用查找表 (LUT),exposure.adjust_gammauint8 图像进行了加速 (#4966)。

  • 通过使用 scipy.ndimage 对布尔输入图像的实现,measure.label 对其进行了加速 (#4945)。

  • util.apply_parallel 现在可以处理多通道数据 (#4927)。

  • skimage.feature.peak_local_max 现在支持任何闵可夫斯基距离。

  • 我们现在使用稀疏互相关来加速局部阈值函数 (#4912)

  • morphology.convex_hull_image 现在通过按顺序检查凸包不等式来使用更少的内存 (#5020)

  • 多边形栅格化更加精确,并且不再可能排除输入顶点。 (#5029)

  • 添加数据可选要求,以允许 pip install scikit-image[data] (#5105, #5111)

  • MSVC 中的 OpenMP 支持 (#4924, #5111)

  • 重新标准化多图像文件的处理 (#2815, #5132)

  • 跨 SciPy 版本的一致缩放边界行为 (#5131, #5133)

API 更改#

  • 当输入为单精度时,skimage.restoration.richardson_lucy 返回单精度输出。在此版本之前,始终使用双精度。 (#4880)

  • skimage.feature.cornerthreshold_rel 的默认值已从 0.1 更改为 None,这对应于让 skimage.feature.peak_local_max 决定默认值。这目前等效于 threshold_rel=0

  • measure.label 中,已弃用的 neighbors 参数已被删除。 (#4942)

  • data.camera 返回的图像由于版权问题已更改 (#4913)。

错误修复#

  • 当输入图像具有 np.uint8 dtype 时,修复了 label2rgb 中的一个错误 (#4661)

  • 修复了 skimage.color.separate_stains 的错误实现 (#4725)

  • peak_local_max 中进行了许多错误修复 (#2592, #4756, #4760, #5047)

  • 修复了当输入标签具有负值时 random_walker 中的错误 (#4771)

  • 现在,Richardson-Lucy 反卷积在 >2D 中工作时,PSF 翻转是正确的 (#4823)

  • 修复了 clip 值 1.0 的 equalize_adapthist (CLAHE) (#4828)

  • 对于 RANSAC 算法,改进了所有数据点都是异常值的情况,之前会导致错误 (#4844)

  • bg_color 参数的值为字符串时,修复了 label2rgb 中导致错误的错误 (#4840)

  • 修复了 metrics.variation_of_information 中的归一化错误 (#4875)

  • 由于没有考虑隧道,skimage.measure.regionprops 的欧拉特征属性对于 3D 对象是错误的。基于积分几何的新实现修复了此错误 (#4380)。

  • skimage.morphology.selem.rectangle 中,height 参数控制宽度,而 width 参数控制高度。它们已替换为 nrowncol。 (#4906)

  • skimage.segmentation.flood_fillskimage.segmentation.flood 现在一致地处理 seed_point 的负值。

  • 修复了 segmentation.flood 中的分段错误 (#4948, #4972)

  • 修复了 draw.polygon 在 0-d 输入情况下的段错误 (#4943)。

  • registration.phase_cross_correlation 中,当在计算中发现 NaN 时(由于输入图像中的 NaN),会引发 ValueError。在此修复之前,如果输入图像中有 NaN,则可能会返回不正确的值 (#4886)。

  • 修复了边缘滤波器不遵守填充模式的问题 (#4907)

  • 将 v{} 用于 pooch 的版本标签 (#5104, #5110)

  • 修复了 XCode 12 中的编译错误 (#5107, #5111)

弃用#

  • 已弃用 skimage.feature.peak_local_max 中的 indices 参数。将始终返回索引。 (#4752)

  • skimage.feature.structure_tensor 中,引入了一个 order 参数,该参数将在 0.20 版本中默认为 'rc'。 (#4841)

  • skimage.feature.structure_tensor_eigvals 已被弃用,将在 0.20 版本中删除。请改用 skimage.feature.structure_tensor_eigenvalues

  • skimage.viewer 子包和 skivi 脚本已弃用,将在 0.20 版本中删除。对于交互式可视化,我们建议使用专用工具,例如 napariplotly。同样,skimage.ioqtskivi 插件已被弃用,将在 0.20 版本中删除。 (#4941, #4954)

  • skimage.morphology.selem.rectangle 中,参数 widthheight 已被弃用。请改用 nrowncol

  • 显式设置 threshold_rel=0` 已从以下文档字符串的示例中删除: ``skimage.feature.BRIEFskimage.feature.corner_harrisskimage.feature.corner_shi_tomasiskimage.feature.corner_foerstnerskimage.feature.corner_fastskimage.feature.corner_subpixskimage.feature.corner_peaksskimage.feature.corner_orientationsskimage.feature._detect_octave

  • skimage.restoration._denoise 中,删除了关于 rescale_sigma=None 的警告。

  • skimage.restoration._cycle_spin 中,删除了 # doctest: +SKIP

开发过程#

  • 修复 #3327:添加基准覆盖率功能 (#3329)

  • 改进了发布过程说明。 (#4228)

  • 已将 pyproject.toml 添加到 sdist。

  • 使用 GitHub Actions 构建和部署 dev/master 文档 (#4852)

  • 网站现在可以自行部署 (#4870)

  • 在 circle ci 上构建文档并链接构件 (#4881)

  • 基准测试现在可以在较旧的 scikit-image 提交上运行 (#4891)

  • 网站分析使用 plausible.io 进行跟踪,可以在 https://127.0.0.1/scikit-image.org 上可视化 (#4893)

  • 文档构建的构件现在在每个拉取请求中找到 (#4881)。

  • 由于 myst,文档源文件现在可以使用 Markdown 和 ReST 编写 (#4863)。

  • 更新 Python 3.9 的 trove 分类器和测试 + 修复 pytest 配置 (#5052)

  • 修复 Python 3.8 的 Azure Pipelines、pytest 配置和 trove 分类器 (#5054)

  • 将我们的测试从 Travis 迁移到 GitHub Actions (#5074)

  • 我们现在使用 cibuildwheel 在主仓库的 GitHub Actions 上构建我们的 wheels。非常感谢 matplotlib 和 scikit-learn 开发人员为我们铺平了道路! (#5080)

  • 禁用 Travis-CI 构建 (#5099, #5111)

  • 改进了 CircleCI 构建:没有并行化和缓存) (#5097, #5119)

其他拉取请求#

  • 管理 iradon 输入和输出数据类型 (#4298)

  • random walker:当给定 tol 的概率超出 [0,1] 时显示警告 (#4631)

  • 维护:删除未使用的 cython 文件 (#4633)

  • 忘记旧的数据目录 (#4662)

  • 设置 longdesc markdown 并切换到 0.18dev (#4663)

  • 可选的 pooch 依赖项 (#4666)

  • 在 doc/examples/segmentation/plot_ncut 上向函数添加新的默认值 (#4676)

  • 重新引入 convert 并发出强烈的弃用警告 (#4681)

  • 在发布说明中,更好地描述 skimage 与生态系统的关系 (#4689)

  • 执行 0.18 的一些待办事项 (#4690)

  • 执行 0.17 的待办事项! (#4691)

  • 抑制图库示例中的警告 (#4692)

  • 0.17.2 的发行说明 (#4702)

  • 修复提及已弃用参数的图库示例 (#4706)

  • 指定设置阶段中打开的文件的编码 (#4713)

  • 删除重复的融合类型定义 (#4724)

  • 将 cython 版本 0.29.18 列入黑名单 (#4730)

  • 修复与将 np.floating 转换为 dtype 相关的 CI 故障 (#4731)

  • 修复与数组参差不齐的输入 numpy 弃用相关的 Ci 故障 (#4735)

  • 在解析指向源的链接之前解包装饰器 (sphinx.ext.linkcode) (#4740)

  • 修复 j 不变去噪教程中的绘图错误 (#4744)

  • 高亮显示所有带有 HTML 文档“source”链接的源代码行 (sphinx.ext.linkcode) (#4746)

  • 将拉取请求模板中的复选框转换为项目符号点 (#4747)

  • 弃用 peak_local_max 中的 (min_distance < 1) 和 (footprint.size < 2) (#4753)

  • 禁止使用 dask 2.17.0 来修复 CI (#4758)

  • 尝试修复因 pyqt5 最新版本而损坏的 CI (#4788)

  • 删除 j 不变文档中未使用的变量 (#4792)

  • 在 manifest.in 中包含所有 md 文件 (#4793)

  • 删除多余的“::”以使 plot 指令生效。 (#4798)

  • 使用 optipng 压缩我们图库中的图像/缩略图 (#4800)

  • 修复 blob.py 中的运行时警告 (#4803)

  • 添加关于 sphinx-gallery>=0.9.0 的 TODO 任务,以删除强制的 thumbnail_size (#4804)

  • 更改 SSIM 代码示例以使用真实的 MSE (#4807)

  • 让 biomed 示例使用 Pooch 加载图像数据。 (#4809)

  • 调整 threshold_otsu 错误检查 - 关闭 #4811 (#4812)

  • 确保来自 Cython 秩滤波器的断言消息提供信息 (#4815)

  • 简化 equivalent_diameter 函数 (#4819)

  • 文档:更新子包描述 (#4825)

  • 样式:在堆叠数组时明确说明 (#4826)

  • 维护:从 collections.abc 导入 Iterable (Python 3.9 兼容性) (#4834)

  • 抑制测试套件中的几个警告 (#4837)

  • 抑制测试套件中的一些 RuntimeWarning (#4838)

  • 正确处理颜色字符串映射 (#4840)

  • 文档:自动格式化 io.*.py 中的文档字符串 (#4845)

  • 由于 CVE-2020-10379 及相关问题,更新 pillow 的最低要求 (#4861)

  • 文档:首次尝试格式转换,rst -> myst (#4863)

  • 修复注释中的错别字 (#4867)

  • 安装指南 PR #4750 的替代措辞 (#4871)

  • 文档:澄清行进立方体返回的唯一顶点的条件 (#4872)

  • 删除贡献者指南中未维护的 wiki 页面链接 (#4873)

  • 新的 matomo 配置 (#4879)

  • 修复 skimage.util.img_as_int 的不正确文档问题 (#4888)

  • 为正确的文档渲染进行小幅编辑 (#4897)

  • 更新日志回溯 (#4898)

  • phase_cross_correlation 中的小幅重构 (#4901)

  • 修复 draw.circle/disk 弃用消息,修复 #4884 (#4908)

  • 为 measure.find_contours() 中的新 opt 参数添加 versionchanged 标签 (#4909)

  • 声明构建依赖项 (#4920)

  • 替换带有种族含义的词语 (#4921)

  • 修复了 apply_parallel 对使用多通道数据的功能的应用 (#4927)

  • 改进 h_maxima 和 h_minima 函数的描述 (#4928) (#4929)

  • CI:跳过 PYTHONOPTIMIZE=2 的文档构建 (#4930)

  • 维护:删除 skimage/morphology/_max_tree.pyx 中的自定义融合类型 (#4931)

  • 维护:删除 numpydoc 选项,问题已在 numpydoc 1.0 中修复 (#4932)

  • 修改开发版本字符串以允许与 NumpyVersion 一起使用 (#4947)

  • CI:添加详细选项以避免 OSX 安装脚本的 travis 超时 (#4956)

  • 修复 CI:禁止使用 sphinx-gallery 0.8.0 (#4960)

  • data.chelsea 的别名:data.cat() (#4962)

  • 修复错别字。 (#4963)

  • CI:使用改进的 Travis 等待以避免 OSX 构建超时 (#4965)

  • “轮廓查找”示例中的小增强:删除未使用的变量 n (#4967)

  • 维护:删除未使用的导入 (#4968)

  • 维护:删除 networkx 上的条件导入 (#4970)

  • 禁止使用最新版本的 pyqt (#4973)

  • 删除 feature, restoration 上的警告/显式设置 (#4974)

  • label 和 regionprops_label 的文档字符串改进 (#4983)

  • 尝试修复 circleci 的超时问题 (#4986)

  • 改进欧拉数示例 (#4989)

  • [网站] 标准化文档索引页。 (#4990)

  • 校对 INSTALL 文件。 (#4991)

  • 捕获 INSTALL 文件中剩余的错别字。 (#4992)

  • 让 tifffile.imread 处理额外的关键字参数 (#4997)

  • 更新 random_noise 函数的文档字符串 (#5001)

  • 更新 sklearn 和 numpy 的 sphinx 映射 (#5003)

  • 更新文档字符串 slic 超像素 (#5014)

  • 调整 numpy 版本以匹配 scipy (某种程度上) (#5016)

  • 修复 numpy.pad 对旧版本 numpy 的使用 (#5017)

  • [MRG] 将文档更新到新的 data.camera() (#5018)

  • 为文档提升了 plotly 要求 (#5021)

  • 修复使用过少的角度调用 hough_line_peaks 时的 IndexError (#5024)

  • 最新 numpy 版本更新后的代码简化 (#5027)

  • 修复指向 CODE_OF_CONDUCT.md 的损坏链接 (#5030)

  • 指定核心开发人员是否应在第二次批准审查后立即合并。 (#5040)

  • 更新 pytest 配置以包含 test_ 函数 (#5044)

  • 维护:修复 pyodide 的构建 (#5059)

  • 减少 OSX 构建时间,使 Travis 满意 (#5067)

  • 文档:记录 prewitt_h, prewitt_v 中的归一化内核 (#5076)

  • 对 CI 进行一些小调整 (#5079)

  • 从 util.arraycrop 中删除 numpy 私有函数的使用 (#5081)

  • peak_local_max: 从示例中删除已弃用的 indices 参数 (#5082)

  • 将 np.bool, np.float 和 np.int 替换为 bool, float 和 int (#5103, #5108)

  • 更改 plausible 脚本以跟踪出站链接 (#5115, #5123)

  • 删除 Python 3.6 支持 (#5117, #5125)

  • 优化 ensure_spacing (#5062, #5135)

此版本添加了 52 位作者 [按名字或登录名首字母排序]#

衷心感谢为此版本做出贡献的所有贡献者。一小部分贡献者是首次为开源做出贡献,而更大一部分是首次为 scikit-image 做出贡献。维护人员欢迎新的贡献者是一种很棒的感觉,而 scikit-image 贡献者的多样性无疑是该软件包的一大优势。

  • Abhishek Arya

  • Abhishek Patil

  • Alexandre de Siqueira

  • Ben Nathanson

  • Cameron Blocker

  • Chris Roat

  • Christoph Gohlke

  • Clement Ng

  • Corey Harris

  • David McMahon

  • David Mellert

  • Devi Sandeep

  • Egor Panfilov

  • Emmanuelle Gouillart

  • François Boulogne

  • Genevieve Buckley

  • Gregory R. Lee

  • Harry Kwon

  • iofall (cedarfall)

  • Jan Funke

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Julian Gilbey

  • Julien Jerphanion

  • kalpana

  • kolibril13 (kolibril13)

  • Kushaan Gupta

  • Lars Grüter

  • Marianne Corvellec

  • Mark Harfouche

  • Marvin Albert

  • Matthias Bussonnier

  • Max Frei

  • Nathan

  • neeraj3029 (neeraj3029)

  • Nick

  • notmatthancock (matt)

  • OGordon100 (OGordon100)

  • Owen Solberg

  • Riadh Fezzani

  • Robert Haase

  • Roman Yurchak

  • Ronak Sharma

  • Ross Barnowski

  • Ruby Werman

  • ryanlu41 (ryanlu41)

  • Sebastian Wallkötter

  • Shyam Saladi

  • Stefan van der Walt

  • Terence Honles

  • Volker Hilsenstein

  • Wendy Mak

  • Yogendra Sharma

此版本添加了 41 位审阅者 [按名字或登录名首字母排序]#

  • Abhishek Arya

  • Abhishek Patil

  • Alexandre de Siqueira

  • Ben Nathanson

  • Chris Roat

  • Clement Ng

  • Corey Harris

  • Cris Luengo

  • David Mellert

  • Egor Panfilov

  • Emmanuelle Gouillart

  • François Boulogne

  • Gregory R. Lee

  • Harry Kwon

  • Jan Funke

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Julien Jerphanion

  • kalpana

  • Kushaan Gupta

  • Lars Grüter

  • Marianne Corvellec

  • Mark Harfouche

  • Marvin Albert

  • neeraj3029

  • Nick

  • OGordon100

  • Riadh Fezzani

  • Robert Haase

  • Ross Barnowski

  • Ruby Werman

  • ryanlu41

  • Scott Trinkle

  • Sebastian Wallkötter

  • Stanley_Wang

  • Stefan van der Walt

  • Steven Brown

  • Stuart Mumford

  • Terence Honles

  • Volker Hilsenstein

  • Wendy Mak