scikit-image 0.18.3 (2021-08-24)#
我们很高兴地宣布 scikit-image v0.18.3 的发布!
scikit-image 是 SciPy 的图像处理工具箱,包括用于分割、几何变换、颜色空间操作、分析、滤波、形态学、特征检测等的算法。
这是一个小型的错误修复版本,用于兼容 Pooch 1.5 和 SciPy 1.7。
错误修复#
仅从 Pooch 的公共 API 导入。这解决了 Pooch 1.5.0 的导入失败问题。(#5531,#5529 的反向移植)
当使用多重网格求解器时,请勿在
random_walker
中使用已弃用的scipy.linalg.pinv2
。(#5531,#5437 的反向移植)
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Gregory Lee Juan Nunez-Iglesias Mark Harfouche
scikit-image 0.18.2 (2021-06-10)#
我们很高兴地宣布 scikit-image v0.18.2 的发布!
scikit-image 是 SciPy 的图像处理工具箱,包括用于分割、几何变换、颜色空间操作、分析、滤波、形态学、特征检测等的算法。
此版本主要用于为 aarch64 架构添加 wheel;它还修复了一些小错误。
有关更多信息、示例和文档,请访问我们的网站
错误修复#
允许使用 SyntaxError 或 OSError 处理截断的 JPG (#5315, #5334)
修复 sphinx:角色已被注册的问题 (#5319, #5335)
开发过程#
更新 pyproject.toml 以确保 pypy 兼容性和 aarch 兼容性 (#5326, #5328)
构建 aarch64 wheel (#5197, #5210)
查看最新的 Ubuntu 镜像是否修复了 QEMU CPU 检测问题 (#5227, #5233)
将
master
重命名为main
(#5243, #5295)修复 INSTALL_FROM_SDIST 的测试 (#5283, #5296)
删除 before_install 中不必要的软件包手动安装 (#5298)
对 python 3.9+ 使用 manylinux2010 (#5303, #5310)
为 cpython 3.8 的 aarch 添加 numpy 版本规范 (#5374, #5375)
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François Boulogne
Janakarajan Natarajan
Juan Nunez-Iglesias
John Lee
Mark Harfouche
MeeseeksMachine
Stéfan van der Walt
此版本新增了 9 位审阅者 [按名字或登录名首字母排序]#
Alexandre de Siqueira
Gregory R. Lee
Juan Nunez-Iglesias
Marianne Corvellec
Mark Harfouche
Matti Picus
Matthias Bussonnier
Riadh Fezzani
Stéfan van der Walt
scikit-image 0.18.1 (2020-12-23)#
这是一个错误修复版本,包含以下两个错误修复
修复大型(>2GB)数组中标记的索引错误 (#5143, #5151)
仅将 retry_if_failed 与最新的 pooch 一起使用 (#5148)
请参阅下文了解 0.18.0 中的新功能和 API 更改。
scikit-image 0.18.0 (2020-12-15)#
我们很高兴地宣布 scikit-image v0.18.0 的发布!
scikit-image 是 SciPy 的图像处理工具箱,包括用于分割、几何变换、颜色空间操作、分析、滤波、形态学、特征检测等的算法。
此版本的 scikit-image 根据 NEP-29 Python 和 Numpy 版本支持社区标准 放弃了对 Python 3.6 的支持:运行此版本需要 Python 3.7 或更高版本。
有关更多信息、示例和文档,请访问我们的网站
新功能#
添加迭代 Lucas-Kanade (iLK) 光流方法 (#4161)
在区域属性中添加 Feret 直径 (#4379, #4820)
添加计算欧拉数和 Crofton 周长估计的函数 (#4380)
添加计算 Hausdorff 距离的函数 (#4382)
为
skimage.filters.rank
中的许多过滤器添加了 3D 支持。为了与 scikit-learn API 兼容,可训练像素分割的实验性实现已添加到
skimage.future
。试试看!(#4739)添加新函数
segmentation.expand_labels
以在防止重叠的同时膨胀标签 (#4795)现在可以将额外的度量函数传递给
measure.regionprops
和regionprops_table
(#4810)添加滚动球算法进行背景减法 (#4851)
在
data
子包中添加了新的示例图像:data.eagle
(#4922)、data.human_mitosis
(#4939)、data.cells3d
(#4951) 和data.vortex
(#5041)。另请注意,由于版权问题,data.camera
的图像已更改 (#4913)。skimage.feature.structure_tensor
现在支持将 3D(和 nD)图像作为输入 (#5002)许多阈值方法现在可以接收预先计算的直方图作为输入,如果在同一图像上尝试多种方法,或者如果使用快速直方图方法,则可以显着加快速度。 (#5006)
measure.regionprops
现在支持多通道强度图像 (#5037)
文档#
向填充教程添加示例 (#4619)
行进立方体和 find_contours 的文档字符串增强 (#4641)
一个介绍细胞生物学示例的新教程已添加到图库中 (#4648)。特别感谢 Pierre Poulain 和 Fred Bernard(巴黎大学和雅克·莫诺研究所)对该示例的科学审查!
改进带有注释和参考的旋转注册示例 (#4723)
为
transform.AffineTransform
中“scale”参数的新标量类型支持添加版本号 (#4733)关于可视化 3D 数据的新教程 (#4850)
添加 3D 自适应直方图均衡化 (AHE) 的示例 (#4658)
自动格式化文档字符串以提高一致性 (#4849)
改进了
rgb2lab
(#4839) 和marching_cubes
(#4846) 的文档字符串改进了
measure.marching_cubes
的文档字符串,其中提到了如何使用 mayavi 对网格进行抽减 (#4846)记录如何贡献图库示例。 (#4857)
修复并改进熵示例 (#4904)
扩展开发人员文档的基准测试部分 (#4905)
改进了
util.random_noise
的文档字符串 (#5001)改进了
morphology.h_maxima
和morphology.h_minima
的文档字符串 (#4929)。改进了
util.img_as_int
的文档字符串 (#4888)。一个新示例演示了使用 PyData 堆栈(pandas、seaborn)交互式探索 regionprops 结果,网址为 <https://scikit-image.cn/docs/dev/auto_examples/segmentation/plot_regionprops.html>`_ (#5010)。
添加了文档以说明如何下载 scikit-image 未安装的示例数据集 (#4984)。同样,贡献者指南已更新,以提及如何在 gitlab 存储库中托管新数据集 (#4892)。
开发人员文档的基准测试部分已扩展 (#4905)。
在示例页面中添加了指向 image.sc 论坛的链接 (#5094, #5096)
在图库示例中添加了丢失的数据集 (#5116, #5118)
在 __all__ 中添加了 farid 过滤器,以填充文档 (#5128, #5129)
校对 rank 过滤器的图库示例。 (#5126, #5136)
改进#
float32 支持 SLIC (#4683)、ORB (#4684, #4697)、BRIEF (#4685)、
pyramid_gaussian
(#4696)、Richardson-Lucy 反卷积 (#4880)在
skimage.restoration.richardson_lucy
中,当输入图像为单精度时,计算现在以单精度进行。这在使用单精度数据时可以显著提高性能。Richardson-Lucy 反卷积现在有一个
filter_epsilon
关键字参数,以避免除以非常小的数字 (#4823)在
measure.find_contours
中添加默认级别参数 (max-min) / 2 (#4862)当用户提供掩码时,改进了 SLIC 超像素算法 (
skimage.segmentation.slice
) 的性能 (#4903)。掩码 SLIC 生成的具体超像素将与之前版本产生的超像素不完全相同。通过使用查找表 (LUT),
exposure.adjust_gamma
对uint8
图像进行了加速 (#4966)。通过使用
scipy.ndimage
对布尔输入图像的实现,measure.label
对其进行了加速 (#4945)。util.apply_parallel
现在可以处理多通道数据 (#4927)。skimage.feature.peak_local_max
现在支持任何闵可夫斯基距离。我们现在使用稀疏互相关来加速局部阈值函数 (#4912)
morphology.convex_hull_image
现在通过按顺序检查凸包不等式来使用更少的内存 (#5020)多边形栅格化更加精确,并且不再可能排除输入顶点。 (#5029)
添加数据可选要求,以允许 pip install scikit-image[data] (#5105, #5111)
MSVC 中的 OpenMP 支持 (#4924, #5111)
重新标准化多图像文件的处理 (#2815, #5132)
跨 SciPy 版本的一致缩放边界行为 (#5131, #5133)
API 更改#
当输入为单精度时,
skimage.restoration.richardson_lucy
返回单精度输出。在此版本之前,始终使用双精度。 (#4880)skimage.feature.corner
中threshold_rel
的默认值已从 0.1 更改为 None,这对应于让skimage.feature.peak_local_max
决定默认值。这目前等效于threshold_rel=0
。在
measure.label
中,已弃用的neighbors
参数已被删除。 (#4942)data.camera
返回的图像由于版权问题已更改 (#4913)。
错误修复#
当输入图像具有 np.uint8 dtype 时,修复了
label2rgb
中的一个错误 (#4661)修复了
skimage.color.separate_stains
的错误实现 (#4725)在
peak_local_max
中进行了许多错误修复 (#2592, #4756, #4760, #5047)修复了当输入标签具有负值时
random_walker
中的错误 (#4771)现在,Richardson-Lucy 反卷积在 >2D 中工作时,PSF 翻转是正确的 (#4823)
修复了 clip 值 1.0 的 equalize_adapthist (CLAHE) (#4828)
对于 RANSAC 算法,改进了所有数据点都是异常值的情况,之前会导致错误 (#4844)
当
bg_color
参数的值为字符串时,修复了label2rgb
中导致错误的错误 (#4840)修复了
metrics.variation_of_information
中的归一化错误 (#4875)由于没有考虑隧道,
skimage.measure.regionprops
的欧拉特征属性对于 3D 对象是错误的。基于积分几何的新实现修复了此错误 (#4380)。在
skimage.morphology.selem.rectangle
中,height
参数控制宽度,而width
参数控制高度。它们已替换为nrow
和ncol
。 (#4906)skimage.segmentation.flood_fill
和skimage.segmentation.flood
现在一致地处理seed_point
的负值。修复了
segmentation.flood
中的分段错误 (#4948, #4972)修复了
draw.polygon
在 0-d 输入情况下的段错误 (#4943)。在
registration.phase_cross_correlation
中,当在计算中发现 NaN 时(由于输入图像中的 NaN),会引发ValueError
。在此修复之前,如果输入图像中有 NaN,则可能会返回不正确的值 (#4886)。修复了边缘滤波器不遵守填充模式的问题 (#4907)
将 v{} 用于 pooch 的版本标签 (#5104, #5110)
修复了 XCode 12 中的编译错误 (#5107, #5111)
弃用#
已弃用
skimage.feature.peak_local_max
中的indices
参数。将始终返回索引。 (#4752)在
skimage.feature.structure_tensor
中,引入了一个order
参数,该参数将在 0.20 版本中默认为 'rc'。 (#4841)skimage.feature.structure_tensor_eigvals
已被弃用,将在 0.20 版本中删除。请改用skimage.feature.structure_tensor_eigenvalues
。skimage.viewer
子包和skivi
脚本已弃用,将在 0.20 版本中删除。对于交互式可视化,我们建议使用专用工具,例如 napari 或 plotly。同样,skimage.io
的qt
和skivi
插件已被弃用,将在 0.20 版本中删除。 (#4941, #4954)在
skimage.morphology.selem.rectangle
中,参数width
和height
已被弃用。请改用nrow
和ncol
。显式设置
threshold_rel=0` 已从以下文档字符串的示例中删除: ``skimage.feature.BRIEF
、skimage.feature.corner_harris
、skimage.feature.corner_shi_tomasi
、skimage.feature.corner_foerstner
、skimage.feature.corner_fast
、skimage.feature.corner_subpix
、skimage.feature.corner_peaks
、skimage.feature.corner_orientations
和skimage.feature._detect_octave
。在
skimage.restoration._denoise
中,删除了关于rescale_sigma=None
的警告。在
skimage.restoration._cycle_spin
中,删除了# doctest: +SKIP
。
开发过程#
修复 #3327:添加基准覆盖率功能 (#3329)
改进了发布过程说明。 (#4228)
已将
pyproject.toml
添加到 sdist。使用 GitHub Actions 构建和部署 dev/master 文档 (#4852)
网站现在可以自行部署 (#4870)
在 circle ci 上构建文档并链接构件 (#4881)
基准测试现在可以在较旧的 scikit-image 提交上运行 (#4891)
网站分析使用 plausible.io 进行跟踪,可以在 https://127.0.0.1/scikit-image.org 上可视化 (#4893)
文档构建的构件现在在每个拉取请求中找到 (#4881)。
由于
myst
,文档源文件现在可以使用 Markdown 和 ReST 编写 (#4863)。更新 Python 3.9 的 trove 分类器和测试 + 修复 pytest 配置 (#5052)
修复 Python 3.8 的 Azure Pipelines、pytest 配置和 trove 分类器 (#5054)
将我们的测试从 Travis 迁移到 GitHub Actions (#5074)
我们现在使用 cibuildwheel 在主仓库的 GitHub Actions 上构建我们的 wheels。非常感谢 matplotlib 和 scikit-learn 开发人员为我们铺平了道路! (#5080)
禁用 Travis-CI 构建 (#5099, #5111)
改进了 CircleCI 构建:没有并行化和缓存) (#5097, #5119)
其他拉取请求#
管理 iradon 输入和输出数据类型 (#4298)
random walker:当给定 tol 的概率超出 [0,1] 时显示警告 (#4631)
维护:删除未使用的 cython 文件 (#4633)
忘记旧的数据目录 (#4662)
设置 longdesc markdown 并切换到 0.18dev (#4663)
可选的 pooch 依赖项 (#4666)
在 doc/examples/segmentation/plot_ncut 上向函数添加新的默认值 (#4676)
重新引入 convert 并发出强烈的弃用警告 (#4681)
在发布说明中,更好地描述 skimage 与生态系统的关系 (#4689)
执行 0.18 的一些待办事项 (#4690)
执行 0.17 的待办事项! (#4691)
抑制图库示例中的警告 (#4692)
0.17.2 的发行说明 (#4702)
修复提及已弃用参数的图库示例 (#4706)
指定设置阶段中打开的文件的编码 (#4713)
删除重复的融合类型定义 (#4724)
将 cython 版本 0.29.18 列入黑名单 (#4730)
修复与将 np.floating 转换为 dtype 相关的 CI 故障 (#4731)
修复与数组参差不齐的输入 numpy 弃用相关的 Ci 故障 (#4735)
在解析指向源的链接之前解包装饰器 (sphinx.ext.linkcode) (#4740)
修复 j 不变去噪教程中的绘图错误 (#4744)
高亮显示所有带有 HTML 文档“source”链接的源代码行 (sphinx.ext.linkcode) (#4746)
将拉取请求模板中的复选框转换为项目符号点 (#4747)
弃用 peak_local_max 中的 (min_distance < 1) 和 (footprint.size < 2) (#4753)
禁止使用 dask 2.17.0 来修复 CI (#4758)
尝试修复因 pyqt5 最新版本而损坏的 CI (#4788)
删除 j 不变文档中未使用的变量 (#4792)
在 manifest.in 中包含所有 md 文件 (#4793)
删除多余的“::”以使 plot 指令生效。 (#4798)
使用 optipng 压缩我们图库中的图像/缩略图 (#4800)
修复 blob.py 中的运行时警告 (#4803)
添加关于 sphinx-gallery>=0.9.0 的 TODO 任务,以删除强制的 thumbnail_size (#4804)
更改 SSIM 代码示例以使用真实的 MSE (#4807)
让 biomed 示例使用 Pooch 加载图像数据。 (#4809)
调整 threshold_otsu 错误检查 - 关闭 #4811 (#4812)
确保来自 Cython 秩滤波器的断言消息提供信息 (#4815)
简化 equivalent_diameter 函数 (#4819)
文档:更新子包描述 (#4825)
样式:在堆叠数组时明确说明 (#4826)
维护:从 collections.abc 导入 Iterable (Python 3.9 兼容性) (#4834)
抑制测试套件中的几个警告 (#4837)
抑制测试套件中的一些 RuntimeWarning (#4838)
正确处理颜色字符串映射 (#4840)
文档:自动格式化
io.*.py
中的文档字符串 (#4845)由于 CVE-2020-10379 及相关问题,更新 pillow 的最低要求 (#4861)
文档:首次尝试格式转换,rst -> myst (#4863)
修复注释中的错别字 (#4867)
安装指南 PR #4750 的替代措辞 (#4871)
文档:澄清行进立方体返回的唯一顶点的条件 (#4872)
删除贡献者指南中未维护的 wiki 页面链接 (#4873)
新的 matomo 配置 (#4879)
修复 skimage.util.img_as_int 的不正确文档问题 (#4888)
为正确的文档渲染进行小幅编辑 (#4897)
更新日志回溯 (#4898)
phase_cross_correlation 中的小幅重构 (#4901)
修复 draw.circle/disk 弃用消息,修复 #4884 (#4908)
为 measure.find_contours() 中的新 opt 参数添加 versionchanged 标签 (#4909)
声明构建依赖项 (#4920)
替换带有种族含义的词语 (#4921)
修复了 apply_parallel 对使用多通道数据的功能的应用 (#4927)
改进 h_maxima 和 h_minima 函数的描述 (#4928) (#4929)
CI:跳过 PYTHONOPTIMIZE=2 的文档构建 (#4930)
维护:删除 skimage/morphology/_max_tree.pyx 中的自定义融合类型 (#4931)
维护:删除 numpydoc 选项,问题已在 numpydoc 1.0 中修复 (#4932)
修改开发版本字符串以允许与 NumpyVersion 一起使用 (#4947)
CI:添加详细选项以避免 OSX 安装脚本的 travis 超时 (#4956)
修复 CI:禁止使用 sphinx-gallery 0.8.0 (#4960)
data.chelsea 的别名:data.cat() (#4962)
修复错别字。 (#4963)
CI:使用改进的 Travis 等待以避免 OSX 构建超时 (#4965)
“轮廓查找”示例中的小增强:删除未使用的变量 n (#4967)
维护:删除未使用的导入 (#4968)
维护:删除 networkx 上的条件导入 (#4970)
禁止使用最新版本的 pyqt (#4973)
删除 feature, restoration 上的警告/显式设置 (#4974)
label 和 regionprops_label 的文档字符串改进 (#4983)
尝试修复 circleci 的超时问题 (#4986)
改进欧拉数示例 (#4989)
[网站] 标准化文档索引页。 (#4990)
校对 INSTALL 文件。 (#4991)
捕获 INSTALL 文件中剩余的错别字。 (#4992)
让 tifffile.imread 处理额外的关键字参数 (#4997)
更新 random_noise 函数的文档字符串 (#5001)
更新 sklearn 和 numpy 的 sphinx 映射 (#5003)
更新文档字符串 slic 超像素 (#5014)
调整 numpy 版本以匹配 scipy (某种程度上) (#5016)
修复 numpy.pad 对旧版本 numpy 的使用 (#5017)
[MRG] 将文档更新到新的 data.camera() (#5018)
为文档提升了 plotly 要求 (#5021)
修复使用过少的角度调用 hough_line_peaks 时的 IndexError (#5024)
最新 numpy 版本更新后的代码简化 (#5027)
修复指向 CODE_OF_CONDUCT.md 的损坏链接 (#5030)
指定核心开发人员是否应在第二次批准审查后立即合并。 (#5040)
更新 pytest 配置以包含
test_
函数 (#5044)维护:修复 pyodide 的构建 (#5059)
减少 OSX 构建时间,使 Travis 满意 (#5067)
文档:记录 prewitt_h, prewitt_v 中的归一化内核 (#5076)
对 CI 进行一些小调整 (#5079)
从 util.arraycrop 中删除 numpy 私有函数的使用 (#5081)
peak_local_max: 从示例中删除已弃用的
indices
参数 (#5082)将 np.bool, np.float 和 np.int 替换为 bool, float 和 int (#5103, #5108)
更改 plausible 脚本以跟踪出站链接 (#5115, #5123)
删除 Python 3.6 支持 (#5117, #5125)
优化 ensure_spacing (#5062, #5135)
此版本添加了 52 位作者 [按名字或登录名首字母排序]#
衷心感谢为此版本做出贡献的所有贡献者。一小部分贡献者是首次为开源做出贡献,而更大一部分是首次为 scikit-image 做出贡献。维护人员欢迎新的贡献者是一种很棒的感觉,而 scikit-image 贡献者的多样性无疑是该软件包的一大优势。
Abhishek Arya
Abhishek Patil
Alexandre de Siqueira
Ben Nathanson
Cameron Blocker
Chris Roat
Christoph Gohlke
Clement Ng
Corey Harris
David McMahon
David Mellert
Devi Sandeep
Egor Panfilov
Emmanuelle Gouillart
François Boulogne
Genevieve Buckley
Gregory R. Lee
Harry Kwon
iofall (cedarfall)
Jan Funke
Juan Nunez-Iglesias
Julian Gilbey
Julien Jerphanion
kalpana
kolibril13 (kolibril13)
Kushaan Gupta
Lars Grüter
Marianne Corvellec
Mark Harfouche
Marvin Albert
Matthias Bussonnier
Max Frei
Nathan
neeraj3029 (neeraj3029)
Nick
notmatthancock (matt)
OGordon100 (OGordon100)
Owen Solberg
Riadh Fezzani
Robert Haase
Roman Yurchak
Ronak Sharma
Ross Barnowski
Ruby Werman
ryanlu41 (ryanlu41)
Sebastian Wallkötter
Shyam Saladi
Stefan van der Walt
Terence Honles
Volker Hilsenstein
Wendy Mak
Yogendra Sharma
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Abhishek Arya
Abhishek Patil
Alexandre de Siqueira
Ben Nathanson
Chris Roat
Clement Ng
Corey Harris
Cris Luengo
David Mellert
Egor Panfilov
Emmanuelle Gouillart
François Boulogne
Gregory R. Lee
Harry Kwon
Jan Funke
Juan Nunez-Iglesias
Julien Jerphanion
kalpana
Kushaan Gupta
Lars Grüter
Marianne Corvellec
Mark Harfouche
Marvin Albert
neeraj3029
Nick
OGordon100
Riadh Fezzani
Robert Haase
Ross Barnowski
Ruby Werman
ryanlu41
Scott Trinkle
Sebastian Wallkötter
Stanley_Wang
Stefan van der Walt
Steven Brown
Stuart Mumford
Terence Honles
Volker Hilsenstein
Wendy Mak