scikit-image 0.16.2 (2019-10-22)#

我们很高兴地宣布 scikit-image v0.16.2 版本的发布！

scikit-image 是 SciPy 的图像处理工具箱，包括用于分割、几何变换、颜色空间操作、分析、滤波、形态学、特征检测等的算法。

这是一个错误修复版本，解决了 0.16.1 中的几个关键问题。

错误修复#

  • 迁移到 networkx 2.x (#4236, #4237)

  • 将所需的 numpy 和 dask 同步到运行时版本 (#4233, #4239)

  • 修复 structural_similarity 中错误的参数解析 (#4246, #4247)

  • 修复更改为 rc 坐标后活动轮廓图库示例 (#4257, #4262)

此版本增加了 4 位作者 [按名字或登录名首字母排序]#

  • François Boulogne

  • Jarrod Millman

  • Mark Harfouche

  • Ondrej Pesek

此版本增加了 6 位审阅者 [按名字或登录名首字母排序]#

  • Alexandre de Siqueira

  • Egor Panfilov

  • François Boulogne

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Mark Harfouche

  • Nelle Varoquaux

scikit-image 0.16.1 (2019-10-11)#

我们很高兴地宣布 scikit-image v0.16.1 版本的发布！

scikit-image 是 SciPy 的图像处理工具箱，包括用于分割、几何变换、颜色空间操作、分析、滤波、形态学、特征检测等的算法。

有关更多信息、示例和文档，请访问我们的网站

https://scikit-image.cn

从本版本开始，scikit-image 将遵循最近引入的 NumPy 弃用策略 NEP 29 <https://github.com/numpy/numpy/blob/master/doc/neps/nep-0029-deprecation_policy.rst>__。因此，scikit-image 0.16 不再支持 Python 3.5。此版本的 scikit-image 正式支持 Python 3.6 和 3.7。

特别感谢 Matthias Bussonnier 的 Frappuccino，它帮助我们捕获了所有 API 更改并确定了新功能的 API。

新功能#

改进#

API 更改#

错误修复#

  • 更正了 ORB.detect_and_extract 中的 scales 属性的错误 (#2835)。scales 属性没有考虑掩码，因此使用了不正确的数组大小。

  • 修正了逆拉东变换中的偏差 (skimage.transform.irandon) (#3067)。通过在空间域中使用参考资料中描述的斜坡滤波器方程进行修复。

  • 修复了导致旋转图像的大小与输入不同的舍入问题 (skimage.transform.rotate) (#3173)

  • RANSAC 使用原始数据的随机子集，而不是自举。 (#3901, #3915)

  • Canny 现在产生相同的输出，无论 dtype 如何 (#3919)

  • 几何变换：避免除以零和一些退化情况 (#3926)

  • 修复了 denoise_bilateral 和 denoise_tv_bregman 中的 float32 支持 (#3936)

  • 修复了 Meijering 滤波器的计算并避免了 ZeroDivisionError (#3957)

  • 修复了 skimage.filters.threshold_li 以防止停留在静止点，从而停留在局部最小值或最大值 (#3966)

  • 编辑了 skimage.exposure.rescale_intensity，当所有值为 0 时返回输入图像而不是 nans (#4015)

  • 修复了 skimage.morphology.medial_axis。Cython 中的错误缩进导致该函数行为不如预期。 (#4060)

  • 通过更正高斯滤波器中的填充修复了 skimage.restoration.denoise_bilateral(#4080)

  • 修复了当输入图像包含 NaN 时 skimage.measure.find_contours 的问题。与 NaN 相交的轮廓将保持开放状态 (#4150)

  • 修复了 skimage.feature.blob_log 和 skimage.feature.blob_dog，以用于 3D 图像和各向异性数据 (#4162)

  • 修复了 skimage.exposure.adjust_gamma、skimage.exposure.adjust_log 和 skimage.exposure.adjust_sigmoid，以便在提供 1x1 ndarray 时，它返回 1x1 ndarray 而不是单个数字浮点数 (#4169)

弃用#

  • 为了支持 connectivity，skimage.measure.convex_hull_object 中的参数 neighbors 已被弃用，并将在 0.18.0 版本中删除。

  • 以下函数已被弃用，取而代之的是 skimage.metrics 模块 (#4025)

    • skimage.measure.compare_mse

    • skimage.measure.compare_nrmse

    • skimage.measure.compare_psnr

    • skimage.measure.compare_ssim

  • 函数 skimage.color.guess_spatial_dimensions 已被弃用，并将在 0.18 中删除 (#4031)

  • 在 skimage.segmentation.active_contour 中，参数 bc 已被弃用。

  • 函数 skimage.data.load 已被弃用，并将在 0.18 中删除 (#4061)

  • 函数 skimage.transform.match_histogram 已被弃用，取而代之的是 skimage.exposure.match_histogram (#4107)

  • skimage.morphology.convex_hull_object 的参数 neighbors 已被弃用。

  • skimage.transform.randon_tranform 函数将在 0.18 中默认将整数类型的输入图像转换为浮点类型。要保留当前行为，请将新参数 preserve_range 设置为 True。 (#4131)

文档改进#

  • DOC: 改进了关于 anti_aliasing_sigma 参数的 transform.resize 文档 (#3911)

  • 修复了染色解卷积参考的 URL (#3862)

  • 修复了 denoise gaussian 的文档 (#3869)

  • DOC：各种增强功能（交叉链接、图库、参考等），主要用于角点检测 (#3996)

  • [DOC] 阐明了 inertia_tensor 在文档中可以是 nD 的 (#4013)

  • [DOC] 如何测试和编写基准 (#4016)

  • 拼写检查 @CONTRIBUTING.txt (#4008)

  • 拼写检查 @doc/examples/segmentation/plot_watershed.py (#4009)

  • 拼写检查 @doc/examples/segmentation/plot_thresholding.py (#4010)

  • 拼写检查 @skimage/morphology/binary.py (#4011)

  • 拼写检查 @skimage/morphology/extrema.py (#4012)

  • 为 downscale_local_mean 和 N 维图像更新了文档 (#4079)

  • 从 0.15 发行说明中删除花哨的语言 (#3827)

  • 文档格式/编译修复 (#3838)

  • 删除 INSTALL.txt 中的重复部分。 (#3876)

  • ENH：脊函数文档 (#3933)

  • 修复了阈值 Niblack 的文档字符串 (#3917)

  • 向 circle_perimeter_aa 添加文档 (#4155)

  • 更新贡献指南中 NumPy 文档字符串标准的链接（替换 #4191）(#4192)

  • DOC：改进 downscale_local_mean() 文档字符串 (#4180)

  • DOC：增强 ransac 图库示例中的结果显示 (#4109)

  • 图库：使用 fstrings 来提高可读性 (#4110)

  • MNT：记录贡献指南中的 stacklevel 参数 (#4066)

  • 修复小拼写错误 (#3988)

  • MIN：canny 函数中的文档字符串改进 (#3920)

  • #4150 的次要文档字符串修复 (#4184)

  • 修复了 compare_ssim 中的 full 参数描述 (#3860)

  • 在 Niblack 文档字符串中声明 Bradley 阈值等价性 (#3891)

  • 将 plt.show() 添加到示例代码中以保持一致性。 (#3908)

  • CC0 不等同于公共领域。修复马图像的注释 (#3931)

  • 更新 tutorial_parallelization.rst 中的 joblib 链接 (#3943)

  • 修复 plot_edge_filter.py 引用 (#3946)

  • 向 PaintTool 的文档字符串添加缺少的参数 (#3970)

  • 改进方向滤波器的文档和测试 (#3956)

  • 添加了关于 skimage.filters.threshold_li 内部工作原理的新详尽示例 (#3966)

  • matplotlib：在我们的示例中删除 interpolation=nearest, none (#4002)

  • 修复 filters.rank.entropy 和 filters.rank.shannon_entropy 文档字符串中维基百科引用的 URL 编码 (#4007)

  • 修复示例中的整数除法 (#4032)

  • 更新安装指南中的链接 (#4118)

  • 图库霍夫线变换 (#4124)

  • 函数文档之间的交叉链接现在应该有很大改进了！ (#4188)

  • 更好地记录了 skimage.feature.corner_peaks 的 num_peaks 属性 (#4195)

其他拉取请求#

  • 为曝光模块添加基准测试套件 (#3312)

  • 移除 skimage.util.img_as_ 中的精度和符号丢失警告 (#3575)

  • 提出 SKIPs 并添加使命/愿景/价值观、治理 (#3585)

  • 如果可用，则使用用户安装的 tifffile (#3650)

  • 简化基准测试的固定 (#3711)

  • 为 PyPI 和其他服务在 setup 中添加 project_urls (#3834)

  • 解决 0.16 版本中的弃用问题 (#3841)

  • 0.16 版本的后续弃用问题 (#3851)

  • 在 Azure 中构建和测试文档 (#3873)

  • 将 numpydoc 固定到 0.8 之前版本，以修复开发文档格式 (#3893)

  • 将所有 HTTP 链接更改为 HTTPS (#3896)

  • 跳过 OSX 上的额外依赖项 (#3898)

  • 为 Sphinx 2.0.1 搜索结果添加位置；清理模板 (#3899)

  • 修复 Sphinx 2.0.1 + numpydoc 0.9 渲染文档的 CSS 样式 (#3900)

  • Travis CI：sudo: 标签在 Travis 中已弃用 (#4164)

  • MNT 准备 0.16 版本 (#4204)

  • 修复当 contributor_set 包含 None 时 generate_release_note 的问题 (#4205)

  • 指定 travis 应该使用 Ubuntu xenial (14.04) 而不是 trusty (16.04) (#4082)

  • MNT: 在 lab2xyz 中相应地设置堆栈级别 (#4067)

  • MNT: 修复 filters ridges 的堆栈级别 (#4068)

  • MNT: 从 filters.thresholding 中移除未使用的导入 deprecated (#4069)

  • MNT: 在 io matplotlib 插件中正确设置 stacklevel (#4070)

  • MNT: 在 felzenszwalb_cython 中相应地设置 stacklevel (#4071)

  • MNT: 在 img_as_* (转换) 中相应地设置 stacklevel (#4072)

  • MNT: 在 util.shape 中相应地设置 stacklevel (#4073)

  • MNT: 移除无关的 matplotlib 警告 (#4074)

  • 在查看器测试中禁止警告 (#4017)

  • 在关于 measure.label 的测试套件中禁止警告 (#4018)

  • 由于类型转换，在 test_rank 中禁止警告 (#4019)

  • 为 imread 插件测试添加待办事项 (#3907)

  • 在使用 sphinx gallery 时移除 matplotlib agg 警告。 (#3897)

  • 为 0.14.4 版本向前移植发行说明 (#4137)

  • 为 threshold_li 中的病态数组添加测试 (#4143)

  • setup.py: 当未安装 NumPy 时，优雅地失败 (#4181)

  • 放弃 Python 3.5 支持 (#4102)

  • 强制 imageio 读取器返回 NumPy 数组 (#3837)

  • 修复使用 SSH 信息连接 GitHub 的问题。 (#3875)

  • 修复 skimage.measure.regionprops 的错误消息中的一个小错误 (#3884)

  • 统一骨架化和 3D 骨架化 API (#3904)

  • 为 Sphinx 2.0.1 搜索结果添加位置；清理模板 (#3910)

  • 向前固定 numpy 版本 (#3925)

  • 使用 Astropy 替换 pyfits 来读取 FITS (#3930)

  • 为未来移除 dtype kwarg 添加警告 (#3932)

  • MAINT: 清理 regionprop，向 travis 数组添加 PYTHONOPTIMIZE=2 (#3934)

  • 为 filters.threshold_multiotsu 添加复杂性和新测试 (#3935)

  • 修复某些图像插件中的 dtype kwarg 警告 (#3948)

  • 在 numpy logspace 中，避免在将其用作整数之前将整数转换为浮点数 (#3949)

  • 避免在 doctest 中保存低对比度图像。 (#3953)

  • MAINT: 从 filters._gaussian 中移除未使用的 _convert_input (#4001)

  • 设置 imread 的最低版本，以便在测试构建中从 linux 上的源代码编译 (#3960)

  • 清理 data.load 和 testsuite 中的插件使用 (#3961)

  • 选择与 pathlib 兼容的最低 imageio (#3969)

  • 从测试依赖项中移除 pytest-faulthandler (#3987)

  • 修复我们在 CI 中的 tifffile 和 __array_function__ 失败问题 (#3992)

  • MAINT: 不要在代码中使用 assert，而是引发异常。 (#4006)

  • 使打包者能够禁用警告时的失败。 (#4021)

  • 修复阈值滤波器中的 numpy 117 rc 和 dask 问题 (#4022)

  • 当属性不依赖于 r,c 时，静默 r,c 警告 (#4027)

  • 移除警告过滤器，修复关于 r,c 的文档 (#4028)

  • 从 collections.abc 导入 Iterable (#4033)

  • 在 vendored tifffile 代码中从 collections.abc 导入 Iterable (#4034)

  • 更正 #4025 之后的拼写错误 (#4036)

  • 将名为 assert_* 的内部函数重命名为 check_* (#4037)

  • 改善导入时间 (#4039)

  • 移除 .meeseeksdev.yml (#4045)

  • 修复 grid() 上的 mpl 弃用 (#4049)

  • 修复 #4025 弃用后的 gallery (#4050)

  • 修复 mpl 未来弃用 normed -> density (#4053)

  • 在 hough_circle 示例中，为圆周添加 shape= (#4047)

  • 关键：解决与度量标准 4025 相关的测试套件中的内部警告 (#4063)

  • 对于内部警告函数，使用 functools 而不是实际的函数 (#4062)

  • 以线程安全的方式测试 rank 捕获警告 (#4064)

  • 使库中的 FFT 使用更加一致 (#4084)

  • 修复区域属性测试 (#4099)

  • 在过滤器中将单反引号更改为双反引号 (#4127)

  • 重构 radon 变换模块 (#4136)

  • 修复基准测试套件中 rgb2gray 的损坏导入 (#4176)

  • 修复 SKIPs 的文档构建问题 (#4182)

  • 移除多个 __future__ 导入 (#4198)

  • 将弃用的坐标参数恢复到 regionprops (#4144)

  • 重构/优化 threshold_multiotsu (#4167)

  • 移除特定于 Python2 的代码 (#4170)

  • view_as_windows 错误地假设需要一个连续数组 (#4171)

  • 处理 NamedTemporaryFile 失败的情况 (#4172)

  • 修复 SKIP1 上不正确的解决日期 (#4183)

  • 0.16 之前的 API 更新 (#4187)

  • 修复转换为 float32 dtype 的问题 (#4193)

此版本的贡献者#

  • Abhishek Arya

  • Alexandre de Siqueira

  • Alexis Mignon

  • Anthony Carapetis

  • Bastian Eichenberger

  • Bharat Raghunathan

  • Christian Clauss

  • Clement Ng

  • David Breuer

  • David Haberthür

  • Dominik Kutra

  • Dominik Straub

  • Egor Panfilov

  • Emmanuelle Gouillart

  • Etienne Landuré

  • François Boulogne

  • Genevieve Buckley

  • Gregory R. Lee

  • Hadrien Mary

  • Hamdi Sahloul

  • Holly Gibbs

  • Huang-Wei Chang

  • i3v (i3v)

  • Jarrod Millman

  • Jirka Borovec

  • Johan Jeppsson

  • Johannes Schönberger

  • Jon Crall

  • Josh Warner

  • Juan Nunez-Iglesias

  • Kaligule (Kaligule)

  • kczimm (kczimm)

  • Lars Grueter

  • Shachar Ben Harim

  • Luis F. de Figueiredo

  • Mark Harfouche

  • Mars Huang

  • Dave Mellert

  • Nelle Varoquaux

  • Ollin Boer Bohan

  • Patrick J Zager

  • Riadh Fezzani

  • Ryan Avery

  • Srinath Kailasa

  • Stefan van der Walt

  • Stuart Berg

  • Uwe Schmidt

此版本的审阅者#

  • Alexandre de Siqueira

  • Anthony Carapetis

  • Bastian Eichenberger

  • Clement Ng

  • David Breuer

  • Egor Panfilov

  • Emmanuelle Gouillart

  • Etienne Landuré

  • François Boulogne

  • Genevieve Buckley

  • Gregory R. Lee

  • Hadrien Mary

  • Hamdi Sahloul

  • Holly Gibbs

  • Jarrod Millman

  • Jirka Borovec

  • Johan Jeppsson

  • Johannes Schönberger

  • Jon Crall

  • Josh Warner

  • jrmarsha

  • Juan Nunez-Iglesias

  • kczimm

  • Lars Grueter

  • leGIT-bot

  • Mark Harfouche

  • Mars Huang

  • Dave Mellert

  • Paul Müller

  • Phil Starkey

  • Ralf Gommers

  • Riadh Fezzani

  • Ryan Avery

  • Sebastian Berg

  • Stefan van der Walt

  • Uwe Schmidt