scikit-image 0.23.2 (2024-04-20)#

我们很高兴宣布 scikit-image 0.23.2 的发布！

Bug 修复#

  • 确保 skimage.util.img_as_ubyte 支持提供的图像的 dtype('uint64').type 为 np.ulonglong 而不是 np.uint64 的边缘情况 (#7392)。

文档#

  • 在 0.23.1 发布说明中添加日期 (#7384)。

  • 修复 skimage.segmentation.watershed 中 connectivity 参数的文档字符串 (#7360)。

基础设施#

  • 忽略有关无法拾取的缓存的 Sphinx 警告 (#7400)。

  • 简化 PR 模板中更改列表的说明 (#7401)。

维护#

  • 使用 numpy.inf 而不是已弃用的 numpy.infty (#7386)。

  • 更新 Ruff 配置 (#7387)。

  • 更新 Azure 管道配置的矩阵和名称 (#7390)。

  • 使用 upload- 和 download-artifact v4 (#7389)。

  • 忽略源自测试中 astype 的特定于架构的强制转换警告 (#7393)。

  • 更新指向 numpydoc example.py 的链接 (#7395)。

贡献者#

此版本添加了 4 位作者（按字母顺序）

此版本添加了 4 位审阅者（按字母顺序）

_这些列表是自动生成的，可能不完整或可能包含重复项。_

scikit-image 0.23.1 (2024-04-10)#

我们很高兴宣布 scikit-image 0.23.1 的发布！

注意

由于 CI 系统出现问题，scikit-image 0.23.0 从未发布。此版本与 0.23.0 本应具有的版本相同，只是 CI 修复和版本号不同。

亮点#

  • 确保如果足迹不是镜像对称的，则 skimage.morphology.closing 和 skimage.morphology.opening 分别是外延的和反外延的 (#6695)。

  • 在 skimage.morphology 中的 erosion、dilation、opening、closing、white_tophat 和 black_tophat 中添加参数 mode 和 cval。这些新参数确定如何处理数组边界 (#6695)。

  • 在 skimage.morphology 中的 binary_erosion、binary_dilation、binary_opening 和 binary_closing 中添加参数 mode。这些新参数确定如何处理数组边界 (#6695)。

  • 通过使用 Cython 的 prange 进行并行化，加快 skimage.util.map_array 的速度 (#7266)。

新功能#

  • 向 skimage.measure.regionprops 添加新的 intensity_std 属性，该属性计算区域内强度的标准差 (#6712)。

  • 在 skimage.morphology 中的 erosion、dilation、opening、closing、white_tophat 和 black_tophat 中添加参数 mode 和 cval。这些新参数确定如何处理数组边界 (#6695)。

  • 在 skimage.morphology 中的 binary_erosion、binary_dilation、binary_opening 和 binary_closing 中添加参数 mode。这些新参数确定如何处理数组边界 (#6695)。

  • 向 skimage.morphology 添加函数 mirror_footprint 和 pad_footprint (#6695)。

  • 向 segmentation.expand_labels 添加新参数 spacing，以支持各向异性图像 (#7080)。

API 更改#

  • 删除对 Python 3.9 的支持 (#7217)。

  • 已弃用 skimage.morphology.erosion 和 skimage.morphology.dilation 中的参数 shift_x 和 shift_y。请改用 pad_footprint 或手动修改足迹 (#6695)。

  • 删除 skimage.morphology.skeletonize_3d 中非二进制输入图像的意外值缩放。skeletonize_3d 现在总是返回一个像类似函数的二进制数组 (#7095)。

  • 弃用函数 skimage.feature.plot_matches，而改用 skimage.feature.plot_matched_features (#7255)。

  • 弃用 skimage.morphology.skeletonize_3d，而改用 skimage.morphology.skeletonize (#7094)。

  • 弃用 skimage.filters.gaussian 中的参数 output；请改用 out (#7225)。

  • 将 skimage.filters.rank 函数中参数 shift_x、shift_y 和 shift_z 的默认值从 False 更改为 0。这对结果没有影响。从现在开始，如果提供布尔值偏移，则发出警告 (#7320)。

性能#

  • 向 skimage.metrics 模块添加延迟加载 (#7211)。

  • 通过使用 Cython 的 prange 进行并行化，加快 skimage.util.map_array 的速度 (#7266)。

Bug 修复#

  • 当图像太小而无法满足 skimage.feature.hog 中的给定参数时，添加异常以避免意外结果 (#7153)。

  • 确保如果足迹不是镜像对称的，则 skimage.morphology.closing 和 skimage.morphology.opening 分别是外延的和反外延的 (#6695)。

  • 当无法确定实时偏移时（disambiguate=True），避免 skimage.registration.phase_cross_correlation 中的 TypeError。改为显示警告 (#7259)。

  • 修复 skimage.graph.pixel_graph 中的逻辑，该逻辑在未提供 mask 的情况下提供参数 edge_function 时会引发 TypeError (#7310)。

  • 确保当 cache=False 传递给 skimage.measure.regionprops 时，缓存保持为空 (#7333)。

文档#

  • 更新用于更新开发环境的说明 (#7160)。

  • 使 RAG 图库示例中的标题更明确 (#7202)。

  • 向 skimage.graph 模块添加文档字符串 (#7192)。

  • 在文档字符串中使用一致的表示法表示数组维度 (#3031)。

  • 在 watershed 文档字符串中指定默认标记 (#7154)。

  • 阻止 HTML 文档拦截左右箭头键，以提高键盘可访问性 (#7226)。

  • 修复了吹毛求疵的 Sphinx 的参考格式问题 (#7228)。

  • 在 NumPy 图像速成课程中，记录了如何处理其他类数组对象，例如 xarray.DataArray 和 pandas.DataFrame (#7159)。

  • 修复了用户指南中损坏的函数调用和语法问题 (#7234)。

  • 在 skimage.transform.swirl 的文档字符串中使用正确的默认模式 (#7241)。

  • 添加了 moments_normalized 中关于间距参数的缺失文档 (#7248)。

  • 更新了 hough_ellipse 变换中的文档字符串和示例 (#6893)。

  • 将 binder 标签/分支指向与 docs/release 相对应的提交 (#7252)。

  • 向 FundamentalMatrixTransform 类添加示例 (#6863)。

  • 在安装说明中添加了关于 Matplotlib 可选依赖项提供的功能的解释 (#7286)。

  • 在 skimage.registration.optical_flow_tvl1 的文档字符串中，使用正确的符号 θ 表示紧密度 (#7314)。

  • 参数 cval 的描述在“int 或 float”中进行了修改。cval 是一个数值，而不是字符串 (#7319)。

  • 删除了关于记录更改的过时说明 (#7321)。

  • 添加注释以澄清 dt 对应于 tau，即时间步长。在整个 registration 模块中，将灰度（gray scale）改为灰度（grayscale）(#7324)。

  • 创建 SECURITY.md (#7230)。

  • 从 skimage.segmentation.active_contour 的文档字符串示例中删除已弃用的参数 coordinates (#7329)。

  • 在发布说明标题中包含日期 (#7269)。

  • 更新了关于如何记录拉取请求以包含在发布说明中的描述 (#7267)。

  • 澄清了 skimage.metrics.structural_similarity 中 data_range 参数的描述 (#7345)。

  • 在较长的图库示例和演示（doc/examples/applications）中使用面向对象的 Matplotlib 样式 (#7346)。

  • 在分割人类细胞（有丝分裂）的图库示例中，在为分水岭生成盆地标记时包含边界 (#7362)。

  • 在 skimage.transform.EuclideanTransform 的文档字符串中添加缺失的负号 (#7097)。

基础设施#

  • 更新了关于陈旧机器人的措辞，以假设核心团队失职 (#7196)。

  • 在删除 Python 3.9 后，更新 Azure 作业名称 (#7218)。

  • 在不常见的时间安排夜间轮子构建 (#7254)。

  • 使用 nightly NumPy 2.0 构建 nightly wheels (#7251)。

  • 使用 pytest-doctestplus 代替经典的 pytest-doctest (#7289)。

  • 将 scientific-python/upload-nightly-action 更新到 v0.5.0，以获得依赖项稳定性并利用 Anaconda Cloud 上传错误修复 (#7325)。

  • 添加 assert_stacklevel 帮助程序，以检查捕获的警告的堆栈级别 (#7294)。

  • 从变更列表的贡献者列表中排除 pre-commit[bot] (#7358)。

维护#

  • 删除 version_switcher.json 中过时的重复“首选”字段 (#7184)。

  • 升级到 spin 0.7 (#7168)。

  • 不要比较类型，请使用 isinstance (#7186)。

  • [pre-commit.ci] pre-commit 自动更新 (#7181)。

  • 增加了 32 位浮点数矩量测试的容差 (#7188)。

  • 暂时将 Cython 固定到 <3.0.3，直到 CI 修复 (#7189)。

  • 删除过时的 meson 说明 (#7193)。

  • 暂时将 Cython 固定到 <3.0.3，直到 CI 修复，第二次尝试 (#7201)。

  • 修复 chocolatey (#7200)。

  • 将 Pillow 固定到 <10.1.0，直到修复与 imageio 的不兼容问题 (#7208)。

  • 使用 Black (#7197)。

  • 在上次缺少 black 的合并后，将 black 应用于 _hog.py (#7215)。

  • 在 Cython 3.0.4 发布后，取消固定 Cython (#7214)。

  • [pre-commit.ci] pre-commit 自动更新 (#7236)。

  • 为 Python 3.12 清理 (#7173)。

  • 使 Python 3.12 成为默认 CI Python (#7244)。

  • 添加显式 noexcept 以解决 Cython 3.0 警告 (#7250)。

  • 更新 imageio 以修复 Pillow 不兼容问题 (#7245)。

  • 将 docker/setup-qemu-action 升级到 v3 (#7134)。

  • 修复 SciPy 1.12.0rc1 中弃用的 warningfilter (#7275)。

  • 根据 SPEC 0，更新到 numpy>=1.23 和 matplotlib>=3.6 (#7284)。

  • 添加新的 deprecate_parameter 帮助程序 (#7256)。

  • 更新 meson 和 Cython (#7283)。

  • 处理 skimage.registration.phase_cross_correlation 中空图像的浮点警告 (#7287)。

  • 更新 spin (0.8) (#7285)。

  • 完成计划在 0.23 版本中弃用的功能。删除现在未使用的 deprecate_kwarg 和 remove_arg；它们完全被 deprecate_parameter 取代 (#7290)。

  • 为了安全最佳实践，请使用来自已知提交 shas 的 scientific-python/upload-nightly-action GitHub Action，这些 shas 对应于标记的发行版。这些可以通过 Dependabot 自动更新 (#7306)。

  • 更新 pre-commits 仓库 (#7303)。

  • 现在可以在不安装 numpydoc 的情况下运行测试套件 (#7307)。

  • 处理来自 Pydata 主题的并行写入警告 (#7311)。

  • 使用 NumPy 2.0 测试夜间轮子构建 (#7288)。

  • 明确说明 _optical_flow_utils 中的函数是私有的 (#7328)。

  • 更新依赖项 (spec 0) (#7335)。

  • 对 NumPy 1 和 2 的兼容性进行后续清理和修复 (#7326)。

  • 在 test_fits.py 中，用 autouse fixture 替换忽略的 teardown (#7340)。

  • 解决 NumPy 2 中 np.solve 中的新复制语义和广播 (#7341)。

  • 忽略 Sphinx 图库的执行时间表 (#7327)。

  • 允许 pearson 测试有非常小的浮点容差 (#7356)。

  • 将 numpydoc 更新到版本 1.7 (#7355)。

  • [pre-commit.ci] pre-commit 自动更新 (#7365)。

  • 简化测试套件中的警告过滤器 (#7349)。

  • 针对 NumPy >=2.0.0rc1 构建 (#7367)。

  • 删除 ensure_python_version 函数 (#7370)。

  • 将 GitHub actions 更新到 setup-python@v5、cache@v4、upload-artifact@v4 和 download-artifact@v4 (#7368)。

  • 将 lazyloader 更新到 v0.4 (#7373)。

贡献者#

此版本添加了 29 位作者（按字母顺序排列）

此版本新增 21 位评审员（按字母顺序排列）

_这些列表是自动生成的，可能不完整或可能包含重复项。_